EMBOSS

EMBOSS (acrònim procedent de l'anglès European Molecular Biology Open Programari Suite) és una eina bioinformàtica de codi obert creada per EMBnet (Xarxa Europea de Bioinformàtica), i que s'utilitza especialment en els àmbits de la biologia molecular i la genètica.^[1] Es tracta d'un programari versàtil que rep dades en diversos formats i que els analitza de múltiples maneres. Conté una gran varietat d'eines centrades en l'anàlisi d'àcids nucleics i proteïnes. Si bé s'executa en la línia d'ordres, existeixen GUIs que faciliten la seva manipulació sota un entorn gràfic.

EMBOSS

Tipus	programari lliure
Versió estable	6.6.0 (15 juliol 2013)
Llicència	GNU General Public License GNU LGPL
Característiques tècniques
Sistema operatiu	Unix-like
Equip
Fonts de codi  Debian emboss Gentoo sci-biology/emboss
Més informació
Lloc web	emboss.sourceforge.net
Free Software Directory	Emboss

Els nucli del grup EMBOSS col·labora amb altres grups científics i acadèmics per desenvolupar noves aplicacions requerides per al desenvolupament bioinformàtic. EMBnet tenia aquest origen, basat en diversos nòduls a nivell mundial, la majoria dels quals són els serveis nacionals de bioinformàtica. Els seus inicis es remunta al setembre de 1998, quan es va celebrar el primer taller en què 30 persones d'EMBnet es van reunir a Hinxton per conéixer sobre el projecte i discutir el camí a seguir.^[2]

El paquet EMBOSS conté una varietat d'aplicacions per a l'alineació de seqüències, la cerca ràpida en bases de dades o la identificació de motius proteïcs (incloent l'anàlisi de dominis), entre d'altres. Les biblioteques de què consta, AJAX i NUCLEUS, es troben publicades sota la llicència LGPL, mentre que totes les aplicacions ho estan sota la llicència pública general GNU.

Aplicacions disponibles d'EMBOSS

Grup	Descripció
Acd	Utilitats per a arxius Acd
Alignment consensus	Obté seqüències consens
Alignment differences	Troba diferències entre seqüències
Alignment dot plots	Comparacions de seqüències tipus dot blot
Alignment global	Alineament de seqüències global
Alignment local	Alineament de seqüències local
Alignment multiple	Alineament de seqüències múltiple
Display	Mostra seqüències
Edit	Edita seqüències
Enzyme kinetics	Calcula paràmetres de cinètica enzimàtica
Feature tables	Eines d'anotació
HMM	Anàlisi de model ocult de Márkov
Information	Ajuda general i informació
Menus	Interfície de menús
Nucleic 2d structure	Estructura secundària d'àcids nucleics
Nucleic codon usage	Ús de codons
Nucleic composition	Composició de nucleòtids d'un àcid nucleic
Nucleic CpG islands	Detecció d'illes Cpg
Nucleic gene finding	Predicció de gens
Nucleic motifs	Cerca de motius en àcids nucleics
Nucleic mutation	Mutació d'àcids nucleics
Nucleic primers	Predicció d'encebadors
Nucleic profiles	Generació de perfils d'àcids nucleics
Nucleic repeats	Detecció de repeticions en àcids nucleics
Nucleic restriction	Anàlisi de restricció
Nucleic RNA folding	Anàlisi del plegament d'ARN
Nucleic transcription	Predicció de promotors, terminadores i factors de transcripció
Nucleic translation	Traducció de seqüències
Phylogeny consensus	Mètodes de filogènia per consens
Phylogeny continuous characters	Mètodes de filogènia per caràcter continu
Phylogeny discrete characters	Mètodes de filogènia per caràcter discret
Phylogeny distance matrix	Mètodes de filogènia per distància
Phylogeny gene frequencies	Mètodes de filogènia per freqüència gènica
Phylogeny molecular sequence	Anàlisi de seqüències i filogènia
Phylogeny tree drawing	Dibuix d'arbres filogenètics
Protein 2d structure	Estructura secundària de les proteïnes
Protein 3d structure	Estructura terciària de les proteïnes
Protein composition	Composició de seqüències proteiques
Protein motifs	Cerca de motius proteics
Protein mutation	Mutació de proteïnes
Protein profiles	Cerca en perfils de proteïnes
Test	Eines de prova, no per a ús general
Utils database creation	Instal·lació de bases de dades
Utils database indexing	Indexat de bases de dades
Utils misc	Utilitats vàries