Mendikota és un municipi d'Iparralde al territori de Zuberoa, que pertany administrativament al departament dels Pirineus Atlàntics. Limita amb les comunes de Gotein-Libarrenx al nord, Idauze-Mendi al nord-oest, Arrokiaga a l'est, Ozaze-Zühara i Zalgize-Doneztebe al sud.