A-forma

A-DNA, nebo také A-forma, je jedna z mnoha možných dvoušroubovicových struktur nukleových kyselin zaujímaná DNA nebo RNA. S nejhojnějším typem helikálního uspořádání - tzv. B-DNA - ji spojuje pravotočivé uspořádání, naopak se liší širším a poněkud více plochým tvarem. Vyznačuje se např. tím, že v jednom závitu je 11 bází, přičemž ty svírají s rovinou dvoušroubovice úhel 20 stupňů. Uvnitř dvoušroubovice vzniká poměrně výrazná axiální dutina.^[1]

Struktura A-DNA

Voet uvádí, že není zcela jisté, zda se A-DNA vyskytuje za normálních okolností v živých buňkách.^[1] Minimálně dvouvláknová RNA a také hybridní DNA/RNA helix však zaujímají A-formu dvoušroubovice, které je velmi podobná A-DNA.^[2] Co se týče dvoušroubovice A-DNA, zřejmě v této konformaci existuje většina oligonukleotidů o délce menší než 10 párů bází, což jsou na buňku neobvykle malé a spíše vzácné molekuly.^[1] Lokální přeměny z B-DNA na A-DNA však pravděpodobně probíhají i v rámci dlouhých DNA molekul tvořících genomy organismů.^[3] A-DNA by mohla např. vznikat v TATA oblasti navázáním transkripčního faktoru TBP^[4] či u bakterií pomocí tzv. SASP proteinů.^[1] Kompletní přechod z B-DNA na A-DNA nicméně probíhá při poměrně extrémních podmínkách, jako je např. 75% relativní obsah vody.^[1]

Boční pohled na A-, B-, a Z-DNA

Základní číselné charakteristiky tří nejznámějších helikálních forem DNA

Atribut	A-DNA	B-DNA	Z-DNA
Točivá tendence šroubovice (chiralita)	pravotočivá	pravotočivá	levotočivá
Opakování	po každém páru	po každém páru	po každých dvou párech
Otočení po každém opakování	32,7°	34,3°	-60°/2 páry
Průměrný počet párů na jedno otočení šroubovice	11	10,5	12
Sklon páru k ose	20°	−1,2°	-9°
Vzestup vůči ose na jeden pár	2,3 Å (0,25 nm)	3,32 Å (0,34 nm)	3,8 Å (0,37 nm)
Vzestup vůči ose na jednu otočku	28,2 Å (2,82 nm)	33,2 Å (3,32 nm)	45,6 Å (4,56 nm)
Průměr	23 Å (2,3 nm)	20 Å (2,0 nm)	18 Å (1,8 nm)
Konformace nukleosidu	anti	anti	C: anti, G: syn
Konformace ribofuranózy	C3'-endo	C2'-endo	C: C2'-endo, G: C3'-endo