AMBER

Assisted Model Building with Energy Refinement (AMBER) ist ein Programm für molekulardynamische Berechnungen (MD) von (biologischen) Makromolekülen wie Proteinen und DNA. Weiterhin wird mit AMBER eine Reihe von Kraftfeldern in Verbindung gebracht.

Der Titel dieses Artikels ist mehrdeutig. Weitere Bedeutungen sind unter Amber aufgeführt.

AMBER
Basisdaten
Entwickler	University of California, San Francisco: Peter Kollman, David Case, Tom Cheatham, Ken Merz, Adrian Roitberg, Carlos Simmerling, Ray Luo, Junmei Wang, Ross Walker
Erscheinungsjahr	2002
Aktuelle Version	Amber18[1], AmberTools18[1][2] (Format invalid)
Betriebssystem	Unix (Linux[3]), MacOS[3][2] und Cygwin[3]
Programmier­sprache	C, C++ und Fortran 90[4]
Kategorie	Simulationssoftware
Lizenz	Amber: proprietär (Industrie: $20.000[5]; Hochschulen: $500[5]) AmberTools: GPL, public domain, andere open-source
deutschsprachig	nein
ambermd.org

AMBER-Kraftfeld

Das Kraftfeld AMBER ist neben den CHARMM- und GROMOS-Kraftfeldern heute eines der am meisten verwendeten und wird von einer Reihe von weiteren Programmen wie beispielsweise NAMD unterstützt.^[6] Die Kraftfelder werden dabei kostenlos mit AmberTools zum Download bereitgestellt.

Weblinks

• AMBER-Website (englisch)
• Amber16 und AmberTools17 Manual (englisch)
• AMBER-Tutorials (englisch)
• VMD (englisch) – Visualisierung von AMBER-Trajektorien