BioJava

BioJava ist ein Programmier-Framework in der Bioinformatik für die Programmiersprache Java. Es ist unter der GNU Lesser General Public License veröffentlicht. Es wird von Freiwilligen entwickelt und untersteht der Schirmherrschaft der Open Bioinformatics Foundation.^[5] Es wurde von Mitarbeitern des Wellcome Trust Sanger Institute um die Jahrtausendwende erstmals vorgestellt.^[6]

BioJava
Basisdaten
Erscheinungsjahr	1999[1]
Aktuelle Version	7.2.2[2] (20. März 2025)
Programmier­sprache	Java[3]
Lizenz	GNU LGPL[4]
biojava.org

Funktionalität

Zu den stabilen Programmierschnittstellen zählen die Protein- und Nukleinsäure-Nomenklatur, ein Parser für Ausgabeformate des BLAST-Algorithmus, Lesen/Schreiben von Gensequenzierungsdaten sowie die Manipulation von Sequenzen, genetische Algorithmen, statistische Verteilungen, grafische Oberflächen und Serialisierung in Datenbanken.^[5] Zudem erlaubt es den Vergleich von Proteinstrukturen, die Detektion von Proteinmodifikationen und die Vorhersage von ungeordneten Bereichen sowie das Sequenzalignment. Zudem unterstützt es gängige bioinformatische Dateiformate wie das FASTA-Format.^[7] Mit Version 5 wurde Protein-Assemblierung und Rekonstruktion von Proteinstruktur mittels Kristallstrukturanalyse ergänzt.^[8]

Literatur

• Madhavi P. Bhongale, Renu Vyas: Role of BioJava in the Department of Bioinformatics Tools. In: Advances in Bioengineering. Springer, Singapore 2020, ISBN 978-981-15-2063-1, S. 29–49, doi:10.1007/978-981-15-2063-1_2.
• Kaladhar D. S. V. G. K.: BioJava: A Programming Guide. LAP Lambert Academic Publishing, Köln 2012, ISBN 978-3-659-16750-8, doi:10.5555/2385914.

Weblinks

• offizielle Website (englisch)
• BioJava auf GitHub