Nidovirales

Die Ordnung Nidovirales umfasst vier Familien von Viren mit einem nicht-segmentierten, einzelsträngigen RNA-Genom von positiver Polarität. Der Name leitet sich von lateinisch nidus ‚Nest‘ ab, was auf die geschachtelten (engl. nested) messenger-RNAs der Nidovirales anspielt. Die drei Familien der Nidovirales unterscheiden sich hinsichtlich der Struktur und Funktion der viralen Replikase (RNA-Polymerase) von allen anderen RNA-Viren. Aufgrund von Strukturuntersuchungen dieser Replikasen sprach man zunächst von einer „Coronavirus-like superfamily“^[3] Dies ist der Grund einer sonst nicht vorgenommenen Zusammenfassung anderer Familien in eine Ordnung.
Die Vertreter der Nidovirales verursachen wichtige Infektionen bei Säugetieren (besonders die Familie Coronaviridae). Lediglich die Familie Roniviridae wird nur bei Krustentieren gefunden.

Nidovirales
Virionen der Familie Coronaviridae (EM-Aufnahme)
Systematik
Klassifikation: Viren Realm: Riboviria[1] Reich: Orthornavirae[2] Phylum: Pisuviricota[2] Klasse: Pisoniviricetes[2] Ordnung: Nidovirales
Taxonomische Merkmale
Genom: (+)ssRNA linear Baltimore: Gruppe 4 Symmetrie: ikosaedrisch oder helikal Hülle: vorhanden
Wissenschaftlicher Name
Nidovirales
Links
ICTV Taxon History: 201901821 NCBI Taxonomy: 76804

Genom

Die Nidovirales haben vergleichsweise große RNA-Genome von 13–16 kb (Arterivirus) bis zu 28–31 kb (Coronaviridae). In dieser Unterfamilie befindet sich auch jenes Virus mit dem bislang größten bekannten nicht-segmentierten RNA-Genom, das Maus-Hepatitisvirus (MHV) mit einer Größe von 31.526 nt.^[4] Die genomische RNA der Nidovirales ist polyadenyliert und besitzt (außer bei der Gattung Okavirus) eine Cap-Struktur an ihrem 5'-Ende. Typisch ist die Strategie der Nidovirales bei der Transkription der viralen mRNAs. Die verschiedenen Transkripte mindestens eines Leserahmens besitzen das gleiche polyA-Ende, jedoch verschiedene Startpunkte, sie sind daher polycistronische (nested) mRNAs.

Systematik

Nach Vorgabe des ICTV mit Stand März 2020 gliedern sich die Nidovirales wie folgt:^[2]

• Ordnung Nidovirales

• Unterordnung Abnidovirineae

• Familie Abyssoviridae

• Unterfamilie Tiamatvirinae

• Genus Alphaabyssovirus

• Subgenus: Aplyccavirus

• Familie Arteriviridae

• Unterfamilie Crocarterivirinae

• Genus Muarterivirus

• Unterfamilie Equarterivirinae

• Genus Alphaarterivirus (früher Spezies Alphaarterivirus equid alias Equartevirus mit Equine arteritis virus^[5][6])

• Unterfamilie Heroarterivirinae

• Genus Lambdaarterivirus (mit Spezies Lambdaarterivirus afriporav inkl. African pouched rat arterivirus^[7][6])

• Unterfamilie Simarterivirinae (frühere Gattung Simartevirus)^[8]

• Genus Deltaarterivirus

• Subgenus: Hedartevirus (mit Spezies Deltaarterivirus hemfev inkl. Simian hemorrhagic fever virus^[9][6])

• Genus Epsilonarterivirus

• Subgenus: Sheartevirus

• Spezies Simian hemorragic fever virus (alias Epsilonarterivirus hemcep, SHEV)

• Genus Etaarterivirus
• Genus Iotaarterivirus

• Subgenus: Debiartevirus (mit Spezies Iotaarterivirus debrazmo inkl. DeBrazza's monkey arterivirus^[10][6])
• Subgenus: Kigiartevirus
• Subgenus: Pedartevirus

• Genus Thetaarterivirus

• Subgenus: Kaftartevirus
• Subgenus: Mitartevirus

• Genus Zetaarterivirus

• Unterfamilie Variarterivirinae

• Genus Betaarterivirus

• Subgenus: Ampobartevirus

• Spezies PRRS-2-Virus (engl. Betaarterivirus suid 2)

• Subgenus: Chibartevirus
• Subgenus: Eurpobartevirus

• Spezies PRRS-1-Virus (engl. Betaarterivirus suid 1)

• Genus Gammaarterivirus (mit Spezies Gammaarterivirus lacdeh mit Lactate dehydrogenase-elevating virus^[11][6])
• Genus Nuarterivirus

• Unterfamilie Zealarterivirinae (frühere Gattung Nesartevirus)

• Genus Kappaarterivirus

• Unterfamilie nicht klassifiziert

• Spezies „Porcine reproductive and respiratory syndrome virus“ (PRRSV, vorgeschlagen)^[12][6]
• Spezies „Southwest baboon virus 1“ (vorgeschlagen)^[13][6]

Aufgrund der Reorganisation dieser Familie gibt es die früheren Gattungen Dipartevirus, Nesartevirus, Porartevirus und Simartevirus nicht mehr.

• Familie Cremegaviridae

• Unterfamilie Rodepovirinae

• Genus Pontunivirus

• Familie Gresnaviridae

• Unterfamilie Reternivirinae

• Genus Cyclophivirus

• Familie Olifoviridae

• Unterfamilie Gofosavirinae

• Genus Kukrinivirus

• Unterordnung Cornidovirineae

• Familie Coronaviridae

• Unterfamilie Letovirinae

• Genus Alphaletovirus

• Subgenus: Milecovirus (mit Spezies: Microhyla letovirus 1)

• Unterfamilie Orthocoronavirinae

• Genus Alphacoronavirus

• Subgenus: Colacovirus
• Subgenus: Decacovirus
• Subgenus: Duvinacovirus (mit Spezies Human coronavirus 229E)
• Subgenus: Luchacovirus
• Subgenus: Minacovirus
• Subgenus: Minunacovirus (mit Spezies Bat coronavirus HKU8)
• Subgenus: Myotacovirus
• Subgenus: Nyctacovirus
• Subgenus: Pedacovirus (mit Spezies Feline infectious peritonitis virus)
• Subgenus: Rhinacovirus
• Subgenus: Setracovirus (mit Spezies Human coronavirus NL63)
• Subgenus: Soracovirus
• Subgenus: Sunacovirus
• Subgenus: Tegacovirus (mit Spezies Porcine epidemic diarrhea virus)

• Genus Betacoronavirus

• Subgenus: Embecovirus (mit Spezies Human coronavirus HKU1 und Betacoronavirus 1 inkl. Human coronavirus OC43)
• Subgenus: Hibecovirus
• Subgenus: Merbecovirus (mit Spezies MERS-Coronavirus)
• Subgenus: Nobecovirus
• Subgenus: Sarbecovirus (mit Spezies SARS-Coronavirus inkl. SARS-CoV-2)

• Genus Gammacoronavirus

• Subgenus: Brangacovirus
• Subgenus: Cegacovirus (mit Spezies Beluga Whale coronavirus SW1)
• Subgenus: Igacovirus (mit Spezies Avian coronavirus alias Avian infectious bronchitis virus)

• Genus Deltacoronavirus

• Subgenus: Andecovirus (mit Spezies Wigeon coronavirus HKU20)
• Subgenus: Buldecovirus (inkl. früherem Subgenus Moordecovirus – mit Spezies Common moorhen coronavirus HKU21 und „Sparrow coronavirus HKU17“ – vorgeschlagen^[14][6])
• Subgenus: Herdecovirus

• Unterordnung Mesnidovirineae

• Familie Medioniviridae

• Unterfamilie Medionivirinae

• Genus Turrinivirus

• Subgenus: Beturrivirus (mit Spezies Turrinivirus 1 inkl. Beihai Nido-like virus 1)

• Unterfamilie Tunicanivirinae

• Genus Bolenivirus

• Subgenus: Balbicanovirus

• Familie Mesoniviridae

• Unterfamilie Hexponivirinae

• Genus Alphamesonivirus

• Subgenus: Casualivirus
• Subgenus: Enselivirus (mit Spezies Alphamesonivirus 8 inkl. Nse virus)
• Subgenus: Hanalivirus
• Subgenus: Kadilivirus
• Subgenus: Karsalivirus
• Subgenus: Menolivirus (mit Spezies Alphamesonivirus 9 inkl. Meno virus)
• Subgenus: Namcalivirus (mit Spezies Alphamesonivirus 1 inkl. Nam Dinh virus)
• Subgenus: Ofalivirus

• Unterordnung Monidovirineae

• Familie Mononiviridae

• Unterfamilie Mononivirinae

• Genus Alphamononivirus

• Subgenus: Dumedivirus

• Unterordnung Nanidovirineae

• Familie Nanghoshaviridae

• Unterfamilie Chimanivirinae

• Genus Chimshavirus

• Familie Nanhypoviridae

• Unterfamilie Hyporhamsavirinae

• Genus Sajorinivirus

• Unterordnung Ronidovirineae

• Familie Euroniviridae

• Unterfamilie Ceronivirinae

• Genus Charybnivirus

• Subgenus: Cradenivirus (mit Spezies Charybnivirus 1 inkl. Beihai Nido-like virus 2^[15][6])
• Subgenus: Wenilivirus (mit Spezies Decronivirus 1 inkl. Wenling nido-like virus 1^[16][6])

• ohne Gattungszuordnung:

• Spezies Wenzhou Nido-like virus 1^[17][6]

• Unterfamilie Crustonivirinae

• Genus Paguronivirus

• Subgenus: Behecravirus (mit Spezies Paguronivirus 1 inkl. Beihai hermit crab virus 4^[18][6])

Genomkarte der Familie Roniviridae

• Familie Roniviridae^[19]

• Unterfamilie Okanivirinae

• Genus Okavirus^[20]

• Subgenus: Tipravirus (mit Spezies Okavirus 1,Gill-associated virus^[21][22] und Yellow head virus^{[23][24][25][26][27]})

• Unterordnung Tornidovirineae

• Familie Tobaniviridae

• Unterfamilie Piscanivirinae

• Genus Bafinivirus (früher zu Coronaviridae:Torovirinae)

• Subgenus: Blicbavirus (mit Spezies Güster-Virus en. White bream virus^[6])
• Subgenus: Pimfabavirus (mit Spezies Goldelritzen-Nidovirus en. Fathead minnow nidovirus 1)

• Genus Oncotshavirus

• Subgenus: Salnivirus (mit Spezies Königslachs-Bafinivirus en. Chinook salmon nidovirus 1)

• Unterfamilie Remotovirinae

• Genus Bostovirus

• Subgenus: Bosnitovirus

• Unterfamilie Serpentovirinae

• Genus Infratovirus

• Subgenus: Hepoptovirus
• Subgenus: Xintolivirus (mit Spezies Infratovirus 1 inkl. Xinzhou toro-like virus^[28][6])

• Genus Lyctovirus

• Subgenus: Rebatovirus

• Genus Pregotovirus (inkl. früherem Genus Tiruvirus)

• Subgenus: Roypretovirus (mit Spezies Ball python nidovirus 1^[6])
• Subgenus: Snaturtovirus
• Subgenus: Tilitovirus

• Genus Sectovirus

• Subgenus: Sanematovirus (mit Spezies Sectovirus 1 inkl. Xinzhou nematode virus 6^[29][6])

• Unterfamilie Torovirinae (früher zu Fam. Coronaviridae)

• Genus Torovirus

• Subgenus: Renitovirus (mit Spezies Porcine torovirus^[6] und Bovine torovirus inkl. Breda virus^[30])

• Unterordnung nicht klassifiziert

• „ShiM-2016 Nido-like viruses“^[31]

• Spezies Hubei tetragnatha maxillosa virus 7^{[32][6][33][34]}
• Spezies Wuhan insect virus 19^{[35][6][33][34]}
• Spezies Wuhan nido-like virus 1^{[36][6][33][34]}
• Spezies Fuefuki virus^[37][33][34]

Im folgenden Kladogramm nach Mang Shi et al. (2016) wurden die Bezeichnungen gemäß ICTV MSL #35 (Stand März 2020) aktualisiert:^[6][2]

Nidovirales

Cornidovirineae: Coronaviridae  Orthocoronavirinae (MERS-CoV, SARS-CoV mit SARS-CoV-2 …)     Letovirinae (ICTV)      Mesnidovirineae  Mesoniviridae: Hexponivirinae     Medioniviridae: Medionivirinae (und Tunicanivirinae gem. ICTV)  Ronidovirineae  Roniviridae: Okanivirinae  Euroniviridae  Crustonivirinae     Ceronivirinae      Tornidovirineae: Tobaniviridae  Serpentovirinae     Piscanivirinae     Torovirinae  Arnidovirineae: Arteriviridae  Heroarterivirinae     Equarterivirinae     Variarterivirinae     Simarterivirinae     ?„ShiM-2016 Nido-like virus clade“[6][33][34]

Vorlage:Klade/Wartung/Style

Literatur

• A. M. Q. King, M. J. Adams, E. B. Carstens, Elliot J. Lefkowitz (Hrsg.): Virus Taxonomy. Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. Amsterdam 2012, ISBN 978-0-12-384684-6, S. 785–795
• C. M. Fauquet, M. A. Mayo et al.: Eighth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses, London, San Diego, 2005
• David M. Knipe, Peter M. Howley et al. (Hrsg.): Fields' Virology, 4. Auflage, Philadelphia 2001

Weblinks

• Nidovirales: Familien, Genera und Spezies (NCBI)
• Chris Lauber, Xiaoyu Zhang, Josef Vaas, Franziska Klingler, Pascal Mutz, Arseny Dubin, Thomas Pietschmann, Olivia Roth, Benjamin W. Neuman, Alexander E. Gorbalenya, Ralf Bartenschlager, Stefan Seitz: Deep mining of the Sequence Read Archive reveals major genetic innovations in coronaviruses and other nidoviruses of aquatic vertebrates. In: PLoS Pathogenes, Band 20, Nr. 4, 22. April 2024, e1012163; doi:10.1371/journal.ppat.1012163 (englisch). Dazu:
  • Scientists Uncover New Nidoviruses That Could Cause the Next Pandemic. Auf: SciTechDaily vom 26. Mai 2024. Quelle: Deutsches Krebsforschungszentrum.