Solo servicio metropolitano, larga distancia Tren El Cuyano Retiro-Palmira pasando por estaciones Rufino, Laboulaye, Justo Daract San Luis, Beazley,SL, La Paz, Mendoza, San Martín y Palmira] Además servicios de carga.[1][2]
Desde ese momento, fue operado en su totalidad por el estado nacional, a través de la Empresa de Ferrocarriles del Estado Argentino, luego Ferrocarriles Argentinos. Corrían trenes de carga desde y hacia el interior del país, servicios de pasajeros de larga distancia, servicios interurbanos entre ciudades del interior y servicios urbanos en el área del Gran Buenos Aires, entre Retiro y Pilar (55km al oeste de Buenos Aires.
El expreso El Libertador, brindaba un servicio de lujo entre Retiro/Junín y Mendoza. Llevaba únicamente vagones camarote y pulman, contaba con restaurante, bar, coche cine y bandeja portaautomóviles. Otros trenes que circularon hasta principios de la década de 1990 fueron «el Cóndor», también realizando el recorrido Retiro-Junín-Mendoza; y «el Aconcagua», que se extendía hasta San Juan y tenía escalas en las ciudades de Junín, Rufino, Laboulaye, Vicuña Mackenna, Justo Daract, Villa Mercedes y San Luis.
Existía también el tren el Sanjuanino, un servicio adicional de Retiro a San Juan. En algunas épocas este tren se denominó «El Zonda» y en los últimos meses del servicio, «el Aconcagua» se denominó «el Cuyano». Los trenes del San Martín lo completaban los servicios diarios entre Retiro, Junín y Rufino. Había también dos trenes más. El «Sierras Grandes» que unía Retiro, Villa Mercedes y Villa Dolores, en las temporadas de verano, tres veces por semana; y «el Sanrafaelino» de Retiro a San Rafael, vía Rufino, dos veces por semana.
El Ferrocarril poseía, desde 1886, enormes talleres en la ciudad de Junín, donde se realizaba la reparación y mantenimiento de locomotoras, coches y vagones. Allí llegaron a trabajar unos seis mil operarios.
En 2004 el servicio quedó a cargo de la Unidad de Gestión Operativa Ferroviaria de Emergencia (UGOFE), conformada por Ferrovías, Trenes de Buenos Aires y Metrovías. La paga de salarios quedó temporalmente a cargo del Estado Nacional. En la actualidad, se están reparando vagones y locomotoras que habían quedado fuera de uso o seriamente dañados, mientras se trabaja en una nueva licitación del servicio. Se usa como nombre comercial «Línea San Martín», con la inscripción «LSM» en locomotoras y coches de pasajeros.
Desde la década de 2020 la provincia de Mendoza persigue la recuperación del servicio de pasajeros a la ciudad de Buenos Aires.[5]