EMBOSS

EMBOSS es una suite bioinformática de tipo open source creada por EMBnet que es empleada fundamentalmente en biología molecular y genética. EMBOSS es un acrónimo procedente del inglés «European Molecular Biology Open Software Suite».^[1] Se trata de un software versátil que recibe datos en multitud de formatos y que los analiza de múltiples maneras. Contiene multitud de herramientas centradas en el análisis de ácidos nucleicos y proteínas. Si bien se ejecuta en la línea de comandos, existen GUIs que facilitan su manipulación bajo un entorno gráfico.

PEPWHEEL, una herramienta de EMBOSS, analizando la estructura proteica de una hélice alfa proteica.

Aplicaciones de EMBOSS

Grupo	Descripción
Acd	Utilidades para archivos Acd
Alignment consensus	Obtiene secuencias consenso
Alignment differences	Encuentra diferencias entre secuencias
Alignment dot plots	Comparaciones de secuencias tipo dot blot
Alignment global	Alineamiento de secuencias global
Alignment local	Alineamiento de secuencias local
Alignment multiple	Alineamiento de secuencias múltiple
Display	Muestra secuencias
Edit	Edita secuencias
Enzyme kinetics	Calcula parámetros de cinética enzimática
Feature tables	Herramientas de anotación
HMM	Análisis de modelo oculto de Márkov
Information	Ayuda general e información
Menus	Interfaz de menús
Nucleic 2d structure	Estructura secundaria de ácidos nucleicos
Nucleic codon usage	Uso de codones
Nucleic composition	Composición de nucleótidos de un ácido nucleico
Nucleic CpG islands	Detección de islas Cpg
Nucleic gene finding	Predicción de genes
Nucleic motifs	Búsqueda de motivos en ácidos nucleicos
Nucleic mutation	Mutación de ácidos nucleicos
Nucleic primers	Predicción de cebadores
Nucleic profiles	Generación de perfiles de ácidos nucleicos
Nucleic repeats	Detección de repeticiones en ácidos nucleicos
Nucleic restriction	Análisis de restricción
Nucleic RNA folding	Análisis del plegamiento de ARN
Nucleic transcription	Predicción de promotores, terminadores y factor de transcripción
Nucleic translation	Traducción de secuencias
Phylogeny consensus	Métodos de filogenia por consenso
Phylogeny continuous characters	Métodos de filogenia por carácter continuo
Phylogeny discrete characters	Métodos de filogenia por carácter discreto
Phylogeny distance matrix	Métodos de filogenia por distancia
Phylogeny gene frequencies	Métodos de filogenia por frecuencia génica
Phylogeny molecular sequence	Análisis de secuencias y filogenia
Phylogeny tree drawing	Dibujo de árboles filogenéticos
Protein 2d structure	Estructura secundaria de las proteínas
Protein 3d structure	Estructura terciaria de las proteínas
Protein composition	Composición de secuencias proteicas
Protein motifs	Búsqueda de motivos proteicos
Protein mutation	Mutación de proteínas
Protein profiles	Búsqueda en perfiles de proteínas
Test	Herramientas de prueba, no para uso general
Utils database creation	Instalación de bases de datos
Utils database indexing	Indexado de bases de datos
Utils misc	Utilidades varias

Véase también

• Alineamiento de secuencias