Jmol

Jmol es un visor de código abierto de estructuras químicas en 3D.^[2] Jmol devuelve una representación tridimensional de una molécula que puede usarse como herramienta de enseñanza^[3] o para la investigación, por ejemplo en química y bioquímica. Es software libre y de código abierto, escrito en Java y por ello se puede ejecutar en Windows, Mac OS X, Linux y sistemas Unix. Existe una aplicación independiente y un kit de herramientas de desarrollo que puede integrarse en otras aplicaciones Java.

Jmol
Jmol es un visor de Java moleculares para estructuras químicas en 3D
Información general
Tipo de programa	Modelización molecular
Desarrollador	equipo de desarrollo de Jmol
Licencia	GPL
Idiomas	multilingüe catalán, chino, checo, danés, holandés, inglés, francés, alemán, húngaro, indonesio, italiano, coreano, portugués, español, turco, ucraniano[1]
Información técnica
Programado en	Java
Plataformas admitidas	máquina virtual Java
Versiones
Última versión estable	13.0.4 (10 de septiembre de 2012 (12 años, 10 meses y 25 días))
Última versión en pruebas	13.1.4 (10 de septiembre de 2012 (12 años, 10 meses y 25 días))
Archivos legibles
Protein Data Bank Crystallographic Information File MDL Molfile Chemical Markup Language SMILES XYZ file format
Enlaces
Sitio web oficial Repositorio de código Seguimiento de errores
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Características

La particularidad más notable es una miniaplicación (applet) que se puede integrar en páginas web para mostrar las moléculas de muchas formas. Por ejemplo, las moléculas se pueden mostrar como modelos de "bola y palo", modelos "que llenan el espacio", modelos de "cinta", etc.^[4] Jmol es compatible con una amplia gama de formatos de archivo moleculares, incluyendo Protein Data Bank (PDB), archivo de información cristalográfico (CIF), MDL Molfile (mol) y Chemical Markup Language (CML).

La miniaplicación Jmol, entre otras capacidades, ofrece una alternativa al conector (plug-in) Chime, que ya no está bajo desarrollo activo. Aunque Jmol tiene muchas características que no están disponibles en Chime, no pretende reproducir toda la funcionalidad de Chime (en particular, el modo de Sculpt o esculpir). Chime requiere instalar un plug-in en Internet Explorer 6.0 o Firefox 2.0 de Microsoft Windows, o en Netscape Communicator 4.8 en MacintoshOS/9. Jmol requiere instalar Java y funciona en una amplia variedad de plataformas. Por ejemplo, Jmol es completamente funcional en Mozilla Firefox, Internet Explorer, Opera, Google Chrome y Safari.

Imágenes

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  Estructura cristalina de una ribonucleproteína con caja H/ACA de Pyrococcus furiosus
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  Dos puentes salinos en el tetrámero de hemoglobina (el grupo hemo se muestra como varillas en la parte inferior derecha).
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  Un fragmento del factor de transcripción TFIIIA con tres motivos dedo de zinc consecutivos, unido a un segmento de ADN.
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  Ribosoma bacteriano 70S de Thermus thermophilus.