NAMD

NAMD (Not (just) Another Molecular Dynamics program)^[1] es un software para dinámica molecular en paralelo diseñado para simulaciones de alto desempeño de sistemas biomoleculares. Se hizo acreedor de un premio Gordon Bell en 2002.^[2] Está basado en objetos paralelos Charm++ y es escalable a cientos de procesadores en plataformas de punta y decenas de procesadores en cómodos clusters usando ethernet gigabit. NAMD usa el popular programa de presentación gráfica molecular VMD para configurar la simulación y analizar las trayectorias, siendo también parcialmente compatible con AMBER, CHARMM y X-PLOR.

NAMD
Información general
Tipo de programa	Dinámica molecular
Desarrollador	Theoretical and Computational Biophysics Group (TCB) y The Parallel Programming Laboratory (PPL)
Licencia	University of Illinois license
Estado actual	Con soporte
Idiomas	1
Información técnica
Programado en	C++
Plataformas admitidas	«x86», «x86-64»
Versiones
Última versión estable	2.9 (info) (30 de abril de 2012 (13 años, 7 meses y 26 días))
Archivos legibles
Protein Data Bank Protein Structure File
Enlaces
Repositorio de código
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Véase también

• Dinámica molecular
• CHARMM
• GROMACS
• AMBER