Né en 1952, il est le fils de Pierre Souyri. De 1985 à 1999, Pierre François Souyri enseigne l'histoire du Japon à l'Institut national des langues et civilisations orientales (INALCO). De 1993 à 1996, il est directeur des études de l'École française d'Extrême-Orient[4]. De 1999 à 2003, il dirige la Maison franco-japonaise de Tokyo[4]. Il fait partie des fondateurs de la revue Cipango, cahiers d'études japonaises et fut secrétaire de rédaction de la revue Annales (économies, sociétés, civilisations) de 1991 à 1993, puis en fut l'un des codirecteurs[5]. Il est actuellement professeur honoraire à l'université de Genève[4]. Il fut directeur de la Maison de l'histoire de l'université de Genève de 2015 à 2017. Il est le créateur en 2015 des Rencontres de Genève «Histoire et Cité» devenues «Festival Histoire et Cité» depuis 2017[6]. Il est membre du Comité scientifique de l'Histoire depuis 2017.
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Ouvrages
Les guerriers dans la rizière. La grande épopée des samouraïs, Paris, Flammarion, coll.«Au fil de l'histoire», , 380p. (ISBN978-2-08-139250-2).
Moderne sans être occidental. Aux origines du Japon d'aujourd'hui, Paris, Gallimard, coll.«Bibliothèque des histoires», , 496p. (ISBN978-2-07-012569-2).
Pierre-François Souyri et Laurent Nespoulous, Le Japon ancien: Des chasseurs-cueilleurs à Heian (- 36 000 à l'an mille), Belin, coll.«Mondes anciens», (ISBN978-2410015690).
Pierre-François Souyri et Philippe Pons, L’esprit de plaisir. Une histoire de la sexualité et de l’érotisme au Japon. XVIIe – XXesiècle, Paris, Payot, , 448p.
Saeki Shin'Ichi et Pierre-François Souyri, Samouraïs. Du dit des heiké à l'invention du bushidō, Paris, Arkhê, coll.«Homo Historicus», , 101p. (ISBN978-2-918682-29-5).
Pierre-François Souyri et Constance Sereni, Kamikazes, Paris, Flammarion, coll.«Au fil de l'histoire», , 256p.
Pierre-François Souyri (dir.) (trad.du japonais), Japon colonial 1880-1930. Les voix de la dissension, Paris, Les Belles-Lettres, , 176p. (ISBN978-2-251-72221-4).
«Archeothema», Histoire et archéologie, no30,.
Pierre-François Souyri et Rosa Caroli, History at Stake in East Asia, Venise, Cafoscarina, , p.204.
Pierre-François Souyri (dir.), Mémoire et fiction. Décrire le passé dans le Japon du XXesiècle, Arles, Ph. Picquier, , 248p. (ISBN978-2-8097-0188-3).
Jean-Paul Demoule et Pierre François Souyri (dir.), Archéologie et patrimoine au Japon, Paris, Maison des Sciences de l'Homme, , 142p. (ISBN978-2-7351-1160-2, lire en ligne).
Pierre François Souyri a reçu en 2014 le prix littéraire de l'Asie pour son ouvrage: Samouraï, 1 000 ans d'histoire du Japon[7]. Il est également lauréat 2017 du prix du Sénat du livre d'histoire et du prix Guizot[8] pour son livre Moderne sans être occidental. Aux origines du Japon d'aujourd'hui.