À l'origine, Bugzilla est un outil utilisé en interne par Netscape dans le cadre du développement de Netscape Navigator. Il est devenu open source en 1998, à la suite de la publication du code source de ce qui aurait dû devenir la version 5 de Netscape Communicator (laquelle n'a jamais vu le jour), dans le cadre du projet Mozilla. Depuis, son développement s'est poursuivi sous l'égide de la Fondation Mozilla.
Écrit à l'origine en TCL par Terry Weissman en 1998, il fut porté ensuite en Perl en [5]. La version 2.0 fut la première version en Perl.
La version 3.0 sortit le , la version 4.0 le ; la version 5.0 fut éditée le [réf.nécessaire].
