Secuenciación de escopeta
From Wikipedia, the free encyclopedia
En xenética, a secuenciación de escopeta ou secuenciación shotgun é un método utilizado para secuenciar febras de ADN longas. Denomínase así por analoxía co padrón de disparo case aleatorio e de rápida expansión dunha escopeta.
O método de terminación da cadea de secuenciación de ADN tradicional ("secuenciación de Sanger") só pode utilizarse para febras de ADN curtas de 100 a 1 000 pares de bases. Debido a este límite de tamaño, as secuencias máis longas poden ser divididas en fragmentos máis pequenos que se poidan secuenciar separadamente, e estas secuencias son despois ensambladas para dar a secuencia completa.
Hai dous métodos principais para este proceso de fragmentación e secuenciación. O primer walking (ou "chromosome walking") progresa ao longo do anaco enteiro de febra, anaco por anaco, mentres que a secuenciación de escopeta é un proceso máis rápido pero máis complexo, que usa fragmentos ao chou.
Na secuenciación de escopeta,[1][2] o ADN fragméntase de forma aleatoria orixinando numerosos segmentos pequenos, que son secuenciados usando o método de terminación de cadea para obter lecturas. Realizando varias roldas desta fragmentación e secuenciación obtéñense múltiples lecturas que se solapan para o ADN diana. Certos programas informáticos utilizan despois os extremos solapantes de diferentes lecturas para ensamblalas formando unha secuencia continua.[1]
A secuenciación de escopeta ou shotgun foi unha das tecnoloxias precursoras que permitiu realizar unha secuenciación de xenoma completo.