CATH

A CATH Protein Structure Classification (Clasificación da Estrutura das Proteínas CATH) é unha clasificación de dominios proteicos xerárquica e semiautomática publicada en 1997 por Christine Orengo, Janet Thornton e os seus colegas.^[1] CATH comparte moitas características xerais co seu principal rival na clasificación de proteínas, que é SCOP, porén ten tamén áreas nas cales os detalles da clasificación difiren bastante.

CATH
Instancia de base de datos biolóxicos medical database (en) ELIXIR Core Data Resource (en)
Tema principal estrutura das proteínas
Licenza Creative Commons Atribuição 4.0 Internacional (pt)
Persoas e organizacións
Creador/a Christine Orengo (en) Janet Thornton (pt) David Tudor Jones
Fontes e ligazóns
Páxina WEB cathdb.info
Descrito pola fonte Nucleic Acids Research (NAR) database (en) CATH: increased structural coverage of functional space (en)
[ Wikidata ]

Xerarquía

O nome CATH é un acrónimo dos catro principais niveis na clasificación: Clase, Arquitectura, Topoloxía, Homoloxía (das superfamilias).

Estes catro niveis principais da xerarquía descríbense como segue:

#	Nivel	Descrición
1	Clase	o contido de estrutura secundaria global do dominio. (Equivalente á clase da clasificación SCOP)
2	Arquitectura	alta semellanza estrutural pero sen evidencias de homoloxía. (Equivalente ao pregamento de SCOP)
3	Topoloxía	agrupación a grande escala de topoloxías que comparten características estruturais particulares
4	Superfamilia Homóloga	indica unha relación evolutiva demostrable. (Equivalente ás superfamilias de SCOP)

CATH define catro clases: principalmente alfa, principalmengte beta, alfa e beta, poucas estruturas secundarias.

Para comprender mellor o sistema de clasificación CATH é útil coñecer como se constrúen: gran parte deste traballo faise por métodos automáticos, pero tamén hai importantes elementos manuais que se aplican na clasificación.

O primeiro paso é separar as proteínas en dominios. É difícil facer unha definición inequívoca de dominio e esta é unha área na que CATH e SCOP se diferencian.

Os dominios son distribuídos automaticamente en clases e agrupados baseándose na semellanza das secuencias. Estes grupos forman o nivel H da clasificación. O nivel de topoloxía está formado por comparacións estruturais de grupos homólogos. Finalmente, o nivel de Arquitectura asígnase manualmente.

A clasificación do nivel Clase faise baseándose neses 4 criterios:

1. contido de estrutura secundaria;
2. contactos de estrutura secundaria;
3. puntuación (score) de alternancia de estrutura secundaria; e
4. porcentaxe de febras paralelas.

Poden atoparse máis detalles deste proceso e da comparación entre SCOP, CATH e FSSP en: Hadley & Jones, 1999^[2] e en Day et al., 2003.^[3]

Exemplo

• só dominios alfa
• só dominios beta
• alfa e beta
  • rolo
  • barril TIM
  • sandwich
    • beta-lactamase