MetaCyc

MetaCyc é unha base de datos que contén extensa información sobre vías metabólicas e encimas de moitos organismos. Os datos de MetaCyc cobren todos os dominios da vida e foron curados a partir de máis de 41.000 publicacións^[1][2][3]

Entre as aplicacións de MetaCyc están o uso como conxuntos de datos de referencia para a predición por computador de vías metabólicas de organismos a partir dos seus xenomas secuenciados; foi utilizada tamén para realizar predicións de vías metabólicas para miles e organismos, incluíndo os que están na BioCyc Database Collection. MetaCyc tamén se usa na enxeñaría metabólica e en investigación metabolómica.

MetaCyc contén amplos datos sobre encimas individuais, para os que se describe a súa estrurura de subunidades, cofactores, activatores e inhibidores, especificidade de substrato, e, nalgúns casos, constantes cinéticas. Os datos de MetaCyc sobre reaccións inclúen mapados de átomos preditos que describen a correspondencia entre átomos nos compostos reactivos e os produtos. Tamén proporciona mini-revisións de encimas e referencias da literatura científica. Os datos de MetaCyc sobre metabolitos inclúen datos de estruturas, enerxía libre de Gibbs de formación predita, e ligazóns a bases de datos externas.