SDD-AGE

SDD-AGE son as siglas en inglés de Semi-Denaturating Detergent Agarose Gel Electrophoresis ou electroforese en xel de agarosa con deterxente semidesnaturalizante. É un método para detectar e caracterizar grandes polímeros de proteínas que son estables en SDS ao 2% a temperatura dunha habitación, a diferenza da maioría dos grandes complexos proteicos. Este método é moi útil para estudar prións e amiloides, que se caracterizan pola formación de polímeros proteináceos.^{[1][2][3][4][5][6]} A agarosa é utilizada para facer o xel, xa que os polímeros resistentes ao SDS son grandes (da orde de 200-4000+ kDa) e non poden entrar no xel de poliacrilamida convencional, que ten poros pequenos. A agarosa, por outra parte, ten grandes poros, o que permite a separación dos polímeros.

Exemplo do resultado dun western blot despois dunha separación electroforética SDD-AGE, marcado con anticorpos específicos.

O uso deste método permitiu aos investigadores comprender que existían polo menos algúns tipos de agregados de prións nunha estrutura en dous niveis, as proteínas agrupadas en polímeros, que son moi estables e resisten o tratamento cun SDS ao 2% a temperatura dunha habitación, e agregados, que son feixes de polímeros, que se disocian baixo estas condicións.

As diferenzas no tamaño dos polímeros poden indicar a eficiencia da fragmentación de polímeros in vivo.

Historia

O método creouse no laboratorio de xenética molecular do Instituto de Investigación Cardiolóxica Ruso e foi publicado en 2003 por Kryndushkin et al.^[1] O método orixinal usaba o sistema de tamponamento TAE e incorporaba un sistema de blotting ao baleiro modificado para a transferencia de proteínas nunha membrana (orixinalmente PVDF). O sistema de blotting ao baleiro modificado é en realidade unha transferencia de capilaridade axudada polo baleiro, xa que o baleiro só axuda a que o fluído que xa pasou polo xel e a membrana saia do sistema.

Variacións

Utilizáronse tamén outras modificacións, como a descrita por Bagriantsev et al.,^[7] que usa a tradicional transferencia húmida e o sistema de tamponamento TGB, e outras que usan a transferencia semiseca ou transferencia de capilaridade.^[8]