SUPERFAMILY (base de datos)

base de datos de proteínas e xenomas From Wikipedia, the free encyclopedia

Remove ads

SUPERFAMILY é unha base de datos de notación estrutural e funcional de todas as proteínas e xenomas.[1][2][3][4][5][6][7] SUPERFAMILY clasifica secuencias de aminoácidos en dominios estruturais coñecidos, especialmente en superfamilias SCOP.[8][9] As superfamilias son grupos de proteínas que presentan evidencias estuturais que apoian que teñen un antepasado evolutivo común pero poden non ter unha homoloxía de secuencias detectable.

Datos rápidos Fontes e ligazóns ...
Remove ads

Anotacións en SUPERFAMILY

A anotación en SUPERFAMILY está baseada nun conxunto de modelos de Markov ocultos, que representan dominios proteicos estruturais a nivel de superfamilia SCOP.[10] Nunha superfamilia están agrupados dominios estruturais que teñen relacións evolutivas. A anotación realízase ao escanear secuencias de proteínas a partir de xenomas completamente secuenciados con respecto a modelos de Markov ocultos.

Para cada proteína pódese facer o seguinte:

  • Introducir secuencias para a súa clasificación SCOP.
  • Ver detalles da organización dos dominios, aliñamentos de secuencias e secuencias de proteínas.

Para cada xenoma pódese facer o seguinte:

  • Examinar os asignamentos de superfamilias, árbores filoxenéticas, listas e redes de organización de dominios.
  • Comprobar superfamilias super-representadas ou sub-representadas nun xenoma.

Para cada superfamilia pódese facer o seguinte:

Todas as anotacións, modelos e a vertedura da base de datos están dispoñibles gratuitamente para que as poida descargar calquera.

Remove ads

Notas

Loading related searches...

Wikiwand - on

Seamless Wikipedia browsing. On steroids.

Remove ads