Epsilonproteobacteria

Epsilonproteobacteria adalah kelas Proteobacteria.^[1] Semua spesies dalam kelas ini adalah, seperti semua Proteobacteria, Gram-negatif.

Epsilonproteobacteria
Campylobacter
Klasifikasi ilmiah
Domain:	Bacteria
Filum:	Proteobacteria
Kelas:	Epsilonproteobacteria
Ordo
Nautiliales Nautiliaceae Caminibacter Lebetimonas Nautilia Nitratifractor Nitratiruptor Thioreductor Campylobacterales Hydrogenimonadaceae Hydrogenimonas Campylobacteraceae Candidatus Thioturbo' Arcobacter Campylobacter Sulfurospirillum Helicobacteraceae Helicobacter Sulfuricurvum Sulfurimonas Sulfurovum Thiovulum Wolinella

Epsilonproteobacteria terdiri dari beberapa genera yang diketahui, terutama Wolinella spp. melengkung hingga spirilloid, Helicobacter spp., dan Campylobacter spp. Sebagian besar spesies yang dikenal menghuni saluran pencernaan hewan dan berfungsi sebagai simbion (Wolinella spp. di sapi) atau patogen (Helicobacter spp. di lambung, Campylobacter spp. di duodenum).

Banyak sekuens lingkungan dan isolat Epsilonproteobacteria juga telah didapatkan dari ventilasi hidrotermal dan habitat rembesan dingin. Contoh isolat termasuk Sulfurimonas autotrophica,^[2] Sulfurimonas paralvinellae,^[3]Sulfurovum lithotrophicum^[4] dan Nautilia profundicola.^[5] Sebuah anggota kelas Epsilonproteobacteria hidup sebagai endosimbion pada insang besar dari siput laut dalam Alviniconcha hessleri''.^[6]

Epsilonproteobacteria yang ditemukan di ventilasi hidrotermal laut-dalam secara khas menunjukkan kemolitotrofi, memenuhi kebutuhan energi mereka dengan mengoksidasi sulfur tereduksi, format, atau hidrogen ditambah dengan reduksi nitrat atau oksigen.^[7] Epsilonproteobacteria autotrof menggunakan siklus Krebs terbalik untuk memfiksasi karbon dioksida ke biomassa, jalur yang awalnya dianggap kurang penting di lingkungan. Sensitivitas oksigen dari jalur ini konsisten dengan relung mikroaerofilik atau anaerobik dalam lingkungan ini, dan kemungkinan evolusi mereka di lautan Mesoproterozoikum,^[8] yang dianggap mengandung sulfida dengan rendahnya tingkat oksigen yang tersedia dari fotosintesis sianobakteri.^[9]

Filogeni

Taksonomi yang diterima saat ini berdasarkan List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN) ^[10] dan National Center for Biotechnology Information (NCBI)^[11] dan filogeni berdasarkan LTP rilis 106 berbasis 16S rRNA oleh 'The All-Species Living Tree' Project ^[12]

Nautiliaceae   Thioreductor micantisoli Nakagawa et al.2005       Caminibacter Alain et al.2002       Lebetimonas acidiphila Takai et al.2005     Nautilia Miroshnichenko et al.2002             Nitratiruptor tergarcus Nakagawa et al.2     Campylobacterales   Hydrogenimonas thermophila Takai et al.2004       ?Sulfuricurvum kujiense Kodama and Watanabe 2004     ?Thiovulum majus ♪ Hinze 1913         Nitratifractor salsuginis Nakagawa et al.2005     Sulfurovum lithotrophicum Inagaki et al.2004       Sulfurimonas Inagaki et al.2003 emend. Takai et al.2006         Helicobacteraceae   Wolinella Tanner et al.1981     Helicobacter Goodwin et al.1989 emend. Vandamme et al.1991       Campylobacteraceae   ?Candidatus Thioturbo danicus Muyzer et al. 2005     Arcobacter Vandamme et al.1991 emend. Vandamme et al.1992       Sulfurospirillum Schumacher et al.1993 emend. Luijten et al.2003     Campylobacter Sebald and Véron 1963 emend. Vandamme et al.2010

Catatan:

• Prokariota tanpa kultur murni (aksenik) yang diisolasi atau tersedia, yaitu tidak dibiakkan atau tidak dapat ditopang dalam kultur untuk lebih dari beberapa serial passage