Wilayah pelayanan Gereja Kristen Jawa

Saat ini, Gereja Kristen Jawa terdiri atas 347 Gereja, 527 Pepanthan (Pos Pelayanan) dan 33 Klasis yang meliputi:^[1][2]

Klasis Jakarta Barat

1. GKJ Nehemia Jakarta
2. GKJ Ebenhaezer Jakarta
3. GKJ Joglo Jakarta
4. GKJ Grogol Jakarta
5. GKJ Kanaan Jakarta
6. GKJ Tangerang Banten
   1. Pepanthan Serpong
7. GKJ Pamulang Banten
8. GKJ Depok Jawa Barat
9. GKJ Yeremia Depok Jawa Barat
   1. Pepanthan Sawangan
10. GKJ Bumi Indah
11. GKJ Serpong Banten

Klasis Jakarta Timur

1. GKJ Jakarta
2. GKJ Tanjung Priok Jakarta
   1. Pepanthan Ancol
3. GKJ Pangkalanjati Jakarta
4. GKJ Gandaria Jakarta
   1. Pepanthan Cawang
5. GKJ Bekasi Jawa Barat
   1. Pepanthan Wilayah Barat
   2. Pepanthan Bekasi Selatan
6. GKJ Pondok Gede Bekasi Jawa Barat
7. GKJ Bekasi Timur Bekasi Jawa Barat
   1. Pepanthan Karawang
8. GKJ Bambu Kuning Bekasi Jawa Barat
9. GKJ Bogor Jawa Barat

Klasis Citanduy

1. GKJ Sidareja
   1. Pepanthan Tambaksari/Sidanegara
   2. Pepanthan Cipari
   3. Pepanthan Sindeh
2. GKJ Kawunganten
   1. Pepanthan Kalijeruk
3. GKJ Gandrungmangu
   1. Pepanthan Rawajaya
4. GKJ Majenang
5. GKJ Sih Rahmat Wanareja
   1. Pepanthan Meluwung
6. GKJ Hosiana Patimuan
7. GKJ Bandung Jawa Barat
8. GKJ Bandung Selatan Jawa Barat
9. GKJ Kiaracondong Bandung Jawa Barat
10. GKJ Cimahi Jawa Barat
11. GKJ Waringinsari Banjar Jawa Barat

Klasis Banyumas Utara

1. GKJ Banyumas
2. GKJ Purwokerto
   1. Pepanthan Mersi
   2. Pepanthan Kradenan
   3. Pepanthan Jatilawang
   4. Pepanthan Karanggintung
   5. Pepanthan Gumelar
3. GKJ Purwojerto Barat
   1. Pepanthan Kaliputih
4. GKJ Sokaraja
5. GKJ Arcawinangun
   1. Pepanthan Karangnanas
6. GKJ Purbalingga
   1. Pepanthan Purwosari
   2. Pepanthan Muntang
7. GKJ Pengalusan
8. GKJ Penaruban
   1. Pepanthan Kejobong
9. GKJ Banjarnegara
   1. Pepanthan Plipiran
10. GKJ Klampok
    1. Pepanthan Blarak
    2. Pepanthan Derik
11. GKJ Getsemani Kertayasa

Klasis Banyumas Selatan

1. GKJ Bangsa
2. GKJ Karanggedang
   1. Pepanthan Tambak
   2. Pepanthan Sumpiuh
3. GKJ Aku Iki Pepadhanging Jagad Cilacap
4. GKJ Cilacap Utara
5. GKJ Kroya
   1. Pepanthan Gading
   2. Pepanthan Kedawung
6. GKJ Bangkal
   1. Pepanthan Ayam Alas
   2. Pepanthan Pucung Kidul
7. GKJ Adireja-Adipala
   1. Pepanthan Karangwangkal
   2. Pepanthan Penggalang
8. GKJ Sih Rahmat Pesawahan
9. GKJ Margi Rahayu Jeruklegi

Klasis Pekalongan Barat

1. GKJ Tegal
   1. Pepanthan Muarareja
2. GKJ Mejasem
3. GKJ Slawi
   1. Pepanthan Prupuk
4. GKJ Brebes
   1. Pepanthan Jatibarang
   2. Pepanthan Tanjung
5. GKJ Pemalang
   1. Pepanthan Jebed
   2. Pepanthan Sokawangi
   3. Pepanthan Kendalrejo
6. GKJ Moga

Klasis Pekalongan

1. GKJ Pekalongan
   1. Pepanthan Kaligawe
   2. Pepanthan Comal
2. GKJ Purbo
3. GKJ Kasimpar
   1. Pepanthan Tembelan
4. GKJ Immanuel Karanganyar
5. GKJ Batang
6. GKJ Limpung
   1. Pepanthan Subah
7. GKJ Bandar
8. GKJ Bawang

Klasis Kebumen

1. GKJ Kebumen
   1. Pepanthan Giritirto
   2. Pepanthan Pakuran
   3. Pepanthan Krakal
   4. Pepanthan Kedungwinangun
   5. Pepanthan Wonosari
   6. Pepanthan Banjurpasar
2. GKJ Imanuel Kebumen
3. GKJ Karanglonggong
4. GKJ Grujugan
5. GKJ Tunjungseto
6. GKJ Tengahan
7. GKJ Menara Kasih Sruweng
8. GKJ Gombong
   1. Pepanthan Gunungmujil
9. GKJ Prembun
   1. Pepanthan Bonjok
   2. Pepanthan Rowo
10. GKJ Karanganyar
11. GKJ Karanggadung
12. GKJ Kutowinangun
    1. Pepanthan Pagedangan
    2. Pepanthan Legok
13. GKJ Sikayu
    1. Pepanthan Adiwarno
    2. Pepanthan Pasir
14. GKJ Bumiagung
15. GKJ Pengaringan

Klasis Purworejo

1. GKJ Purworejo
   1. Pepanthan Kenteng
   2. Pepanthan Seren
2. GKJ Purworejo Selatan
3. GKJ Jatirejo
   1. Pepanthan Durensari
4. GKJ Sidorejo
5. GKJ Kutoarjo
   1. Pepanthan Banyuurip
   2. Pepanthan Ulap-ulap
   3. Pepanthan Tegalsari
   4. Pepanthan Purwosari
6. GKJ Karangjoso
7. GKJ Tlepok
8. GKJ Jenar-Geparang
   1. Pepanthan Kuwukan
   2. Pepanthan Geparang
9. GKJ Pituruh
10. GKJ Bener
11. GKJ Kaligesing

Klasis Sindoro-Sumbing

1. GKJ Temanggung
   1. Pepanthan Kaloran
   2. Pepanthan Kandangan
   3. Pepanthan Ngraho
   4. Pepanthan Kedu
2. GKJ Jumo
3. GKJ Kertosari
4. GKJ Tirta Wening Parakan
5. GKJ Ngadirejo
6. GKJ Kranggan
7. GKJ Bukit Sion Kranggan
   1. Pepanthan Bodehan
   2. Pepanthan Kemiri
8. GKJ Traji
9. GKJ Candiroto
10. GKJ Sindoro
    1. Pepanthan Mranggen Kidul
11. GKJ Wonosobo
    1. Pepanthan Kejajar
    2. Pepanthan Kaliwiro
    3. Pepanthan Ngalian
    4. Pepanthan Wadaslintang
12. GKJ Wonosobo Timur
    1. Pepanthan Merapi Mulyo
    2. Pepanthan Kyuni
    3. Pepanthan Jatialit
    4. Pepanthan Kalikajar
    5. Pepanthan Kertek
    6. Pepanthan Kalicecep
    7. Pepanthan Reco
13. GKJ Bendungan
    1. Pepanthan Kalimade
    2. Pepanthan Bumitirto
    3. Pepanthan Mangunrejo
    4. Pepanthan Balekambang
    5. Pepanthan Banjaran
    6. Pepanthan Kecis
    7. Pepanthan Kacepit
14. GKJ Jonggolsari
    1. Pepanthan Leksono
    2. Pepanthan Welahan
    3. Pepanthan Keseneng
    4. Pepanthan Prumasan

Klasis Magelang

1. GKJ Magelang
   1. Pepanthan Kiringan
   2. Pepanthan Nambangan
   3. Pepanthan Glagah Ombo
   4. Pepanthan Trisip
   5. Pepanthan Kalinegoro
2. GKJ Muntilan
   1. Pepanthan Jamblangan
   2. Pepanthan Sirahan
   3. Pepanthan Dondongan
   4. Pepanthan Kapuhan
   5. Pepanthan Bengan
3. GKJ Bono
4. GKJ Ngablak
5. GKJ Mertoyudan
   1. Pepanthan Podosoko
   2. Pepanthan Blondo
   3. Pepanthan Dogaten
6. GKJ Plengkung
7. GKJ Grabag Merbabu
8. GKJ Secang
   1. Pepanthan Kepatran
9. GKJ Salaman
10. GKJ Gumuk
11. GKJ Kenalan

Klasis Semarang Barat

1. GKJ Semarang Barat
2. GKJ Karangayu Semarang
   1. Pepanthan Ringintelu
   2. Pepanthan Dawung
3. GKJ Bulu Lor Semarang
4. GKJ Krapyak Semarang
5. GKJ Jatingaleh Semarang
6. GKJ Sampangan Kradenan Semarang
   1. Pepanthan Karangkumpul
7. GKI Mijen Semarang
   1. Pepanthan Gempol
   2. Pepanthan Ngesrep
8. GKJ Kalilangse Semarang
9. GKJ Ngaliyan Semarang
10. GKJ Kendal
    1. Pepanthan Kartika Jaya
    2. Pepanthan Siklayu-Bendosari
    3. Pepanthan Sono Tejorejo
11. GKJ Sukorejo
12. GKJ Kaliwungu
13. GKJ Boja
    1. Pepanthan Kalirejo

Klasis Semarang Timur

1. GKJ Semarang Timur
   1. Pepanthan Sawah
2. GKJ Genuk Semarang
3. GKJ Wisma Panunggal Mrican Semarang
4. GKJ Kabluk Semarang
5. GKJ Tlogosari Semarang
6. GKJ Demak
   1. Pepanthan Cabean
   2. Pepanthan Bolo Bango
   3. Pepanthan Mojosimo
7. GKJ Puri Asih Demak
8. GKJ Mranggen
   1. Pepanthan Bumirejo
9. GKJ Kudus
   1. Pepanthan Bondo-Jepara

Klasis Semarang Selatan

1. GKJ Banyumanik Semarang
2. GKJ Kramas Semarang
3. GKJ Ngesrep Semarang
4. GKJ Wisma Anugerah Candi Semarang
5. GKJ Kertanegara Semarang
6. GKJ Wisma Kasih Mangunharjo Semarang
7. GKJ Ungaran
   1. Pepanthan Ngempo
   2. Pepanthan Setro
   3. Pepanthan Glepung
   4. Pepanthan Dampu
8. GKJ Immanuel Ungaran
9. GKJ Ngempon

Klasis Salatiga Bagian Utara

1. GKJ Salatiga
   1. Pepanthan Gedong
   2. Pepanthan Kayuwangi
2. GKJ Salatiga Utara
3. GKJ Ambarawa
   1. Pepanthan Banyubiru
4. GKJ Ngampin Ambarawa
   1. Pepanthan Tambak Sela
   2. Pepanthan Jangglengan
   3. Pepanthan Baran
5. GKJ Bandungan Ambarawa
   1. Pepanthan Sumowono
6. GKJ Tuntang Barat
   1. Pepanthan Celengan
   2. Pepanthan Delik
   3. Pepanthan Glendang
   4. Pepanthan Kesongo
7. GKJ Tuntang Timur
8. GKJ Tlogo
9. GKJ Bringin

Klasis Salatiga Bagian Selatan

1. GKJ Salatiga Timur
   1. Pepanthan Nyamat
   2. Pepanthan Karanggondang
   3. Pepanthan Glawang
   4. Pepanthan Gombang Setro
2. GKJ Salatiga Selatan
   1. Pepanthan Sruwen
   2. Pepanthan Pranggen
   3. Pepanthan Ngasinan
3. GKJ Sidomukti Salatiga
   1. Pepanthan Kenteng
4. GKJ Karangalit Salatiga
5. GKJ Randuares Salatiga
6. GKJ Argomulyo Salatiga
7. GKJ Menara Kasih Salatiga
8. GKJ Salib Putih Salatiga
   1. Pepanthan Warak
   2. Pepanthan Pandanan
9. GKJ Susukan

Klasis Purwodadi

1. GKJ Purwodadi
   1. Pepanthan Pulorejo
   2. Pepanthan Nggalan
   3. Pepanthan Cingkrong
   4. Pepanthan Piyak
   5. Pepanthan Depok
   6. Pepanthan Tunggak
   7. Pepanthan Nambuhan
   8. Pepanthan Mlowo
   9. Pepanthan Jambon
   10. Pepanthan Ngori
2. GKJ Grobogan
3. GKJ Kradenan
   1. Pepanthan Kuwu
   2. Pepanthan Tuku
   3. Pepanthan Pakis
   4. Pepanthan Rejosari
4. GKJ Wolo
   1. Pepanthan Godong
   2. Pepanthan Toko
   3. Pepanthan Sedadi
5. GKJ Kaliceret
   1. Pepanthan Kedungjati
   2. Pepanthan Ringinpitu
   3. Pepanthan Penadaran
6. GKJ Mijen
   1. Pepanthan Pahesan
7. GKJ Wirosari
   1. Pepanthan Kropak
   2. Pepanthan Pondok
   3. Pepanthan Sambirejo
   4. Pepanthan Karanggetas
8. GKJ Ngaringan
   1. Pepanthan Kedungkendil
   2. Pepanthan Tanjungharjo
   3. Pepanthan Sumberagung
   4. Pepanthan Sendangrejo
   5. Pepanthan Dorosemi
9. GKJ Gabus-Sulursari
   1. Pepanthan Gabus
   2. Pepanthan Pandanharum
   3. Pepanthan Karangpung
10. GKJ Juwangi
    1. Pepanthan Karangrayung
    2. Pepanthan Tlawah Welehan
    3. Pepanthan Karangsono
11. GKJ Gundih
    1. Pepanthan Tapen
    2. Pepanthan Rambat
    3. Pepanthan Keceme
12. GKJ Wisma Nugraha
    1. Pepanthan Karangpasar
    2. Pepanthan Mangunsari
    3. Pepanthan Pundenarum
    4. Pepanthan Tlogorejo
    5. Pepanthan Sumengko
13. GKJ Sodo
    1. Pepanthan Kuniran
    2. Pepanthan Dempel
    3. Pepanthan Karangasem
14. GKJ Tempurung-Gubug
15. GKJ Karangsari

Klasis Sala

1. GKJ Margoyudan Solo
2. GKJ Joyodiningratan Solo
3. GKJ Nusukan Solo
4. GKJ Gandekan Sala TImur Solo
   1. Pepanthan Graha Manunggal
   2. Pepanthan Losari
5. GKJ Danukusuman Solo
6. GKJ Blibisluhur Solo
   1. Pepanthan Gulon
   2. Pepanthan Sekip
7. GKJ Cakraningratan Solo
   1. Pepanthan Cemani
8. GKJ Wisma Panembah Solo
9. GKJ Mojosongo Solo
10. GKJ Immanuel Solo
11. GKJ Jebres Solo
12. GKJ Petoran Solo
13. GKJ Dagen-Palur Karanganyar
14. GKJ Selokaton
    1. Pepanthan Ngamban
    2. Pepanthan Gemolong
15. GKJ Karangasem Solo
16. GKJ Taman Murni - Sragen

Klasis Kartasura

1. GKJ Kartasura
   1. Pepanthan Purwogondo
2. GKJ Pajang-Makamhaji
3. GKJ Gebyog
4. GKJ Gatak
5. GKJ Sabda Winedhar Karanganyar
6. GKJ Plaur Boyolali
7. GKJ Manahan Solo
   1. Pepanthan Blulukan
   2. Pepanthan Tohudan
8. GKJ Sumber Solo

Klasis Boyolali

1. GKJ Boyolali
   1. Pepanthan Sunggingan
   2. Pepanthan Teras
   3. Pepanthan Musuk
   4. Pepanthan Paras
   5. Pepanthan Cepogo
   6. Pepanthan Selo
   7. Pepanthan Sangen
   8. Pepanthan Jemowo
2. GKJ Simo
   1. Pepanthan Karanggede
   2. Pepanthan Andong
3. GKJ Pengging
   1. Pepanthan Slanggen
   2. Pepanthan Banyudono
   3. Pepanthan Trayu
4. GKJ Ampel
   1. Pepanthan Berdug
   2. Pepanthan Kentheng
5. GKJ Welar
6. GKJ Sabda Mulya Sukoharjo
   1. Pepanthan Denggungan
   2. Pepanthan Panasan Baru
7. GKJ Cipta Wening
8. GKJ Kerten Solo
   1. Pepanthan Sanggrahan
   2. Pepanthan Kaliwingko

Klasis Sukoharjo

1. GKJ Sukoharjo
   1. Pepanthan Banmati
   2. Pepanthan Bulakan
   3. Pepanthan Bendosari
2. GKJ Baki
   1. Pepanthan Daleman
   2. Pepanthan Kingkang
3. GKJ Grogol-Sukoharjo
4. GKJ Kronelan
5. GKJ Nguter
   1. Pepanthan Begajah
   2. Pepanthan Jangglengan
   3. Pepanthan Serut
6. GKJ Bulu-Sukoharjo
7. GKJ Tawangsari

Klasis Wonogiri

1. GKJ Wonogiri
   1. Pepanthan Pokoh Kidul
   2. Pepanthan Timang
   3. Pepanthan Mento
   4. Pepanthan Jatisobo
2. GKJ Wonogiri Utara
   1. Pepanthan Gemantar
   2. Pepanthan Gegeran
   3. Pepanthan Tandon
3. GKJ Wuryantoro
   1. Pepanthan Mojopuro
   2. Pepanthan Salak
   3. Pepanthan Banaran
   4. Pepanthan Pule
   5. Pepanthan Tejosari
4. GKJ Slogohimo
   1. Pepanthan Jatisrono
   2. Pepanthan Jatiroto
   3. Pepanthan Joho
5. GKJ Baturetno
   1. Pepanthan Beji
   2. Pepanthan Kudi
   3. Pepanthan Tirtomoyo
   4. Pepanthan Kedungrejo
   5. Pepanthan Giriwoyo
   6. Pepanthan Giribelah
   7. Pepanthan Ture
6. GKJ Purwantoro
   1. Pepanthan Purwantoro
   2. Pepanthan Adiyuswa
   3. Pepanthan Kismantoro
   4. Pepanthan Bulukerto
   5. Pepanthan Randusari
   6. Pepanthan Gondopolo
   7. Pepanthan Golo
7. GKJ Girikinasih
   1. Pepanthan Sidoharjo
   2. Pepanthan Paseban
   3. Pepanthan Gernawang
   4. Pepanthan Simpar
8. GKJ Eka Kapti
9. GKJ Bahtera Kasih Eromoko

Klasis Lawu-Karanganyar

1. GKJ Karanganyar
2. GKJ Tawangmangu
3. GKJ Kismorejo
   1. Pepanthan Papahan
   2. Pepanthan Tasikmadu
4. GKJ Kerjo
   1. Pepanthan Mojokerto
   2. Pepanthan Mojogedang
   3. Pepanthan Kaliboto
5. GKJ Harjosari
6. GKJ Manunggal
7. GKJ Kebakkramat
8. GKJ Bekonang

Klasis Klaten Barat

1. GKJ Prambanan
   1. Pepanthan Pule
   2. Pepanthan Pereng
2. GKJ Gondangwinangun
   1. Pepanthan Nganten
   2. Pepanthan Sumber Bakung
   3. Pepanthan Gumul
3. GKJ Wedi
   1. Pepanthan Wedi
   2. Pepanthan Birit
   3. Pepanthan Bayat
   4. Pepanthan Margorejo
   5. Pepanthan Mawen
4. GKJ Kebonarum
   1. Pepanthan Krosok
   2. Pepanthan Ngrundul
   3. Pepanthan Pluneng
   4. Pepanthan Prayan
5. GKJ Manisrenggo
   1. Pepanthan Remeng
   2. Pepanthan Tegalsari
6. GKJ Karangnongko
   1. Pepanthan Blimbing
   2. Pepanthan Somokaton
   3. Pepanthan Pijenan
   4. Pepanthan Karangkembang
7. GKJ Gantiwarno
   1. Pepanthan Mutihan
   2. Pepanthan Dawung
   3. Pepanthan Panggil

Klasis Klaten Timur

1. GKJ Wonosari Klaten
   1. Pepanthan Sekaran
2. GKJ Delanggu
   1. Pepanthan Sanggung
   2. Pepanthan Manjung
   3. Pepanthan Daleman
3. GKJ Pedan
4. GKJ Ceper
   1. Pepanthan Wates
   2. Pepanthan Jambukidul
5. GKJ Karangdowo
   1. Pepanthan Tambak
   2. Pepanthan Ngolodono
   3. Pepanthan Karangtalun
6. GKJ Jatinom
   1. Pepanthan Jatinom
   2. Pepanthan Karanganom
   3. Pepanthan Polanharjo
   4. Pepanthan Kemiri
7. GKJ Cawas
   1. Pepanthan Burikan
   2. Pepanthan Bogor
   3. Pepanthan Japanan
8. GKJ Juwiring
   1. Pepanthan Gunting

Klasis Klaten Tengah

Klasis Klaten Tengah adalah klasis baru hasil dari pembiakan Klasis Klaten Timur yang disetujui pada Sidang Sinode XXIX hari, tanggal Minggu, 14 Januari 2024. ^[3]

1. GKJ Klaten
   1. Pepanthan Bareng
   2. Pepanthan Tegalyoso
2. GKJ Ketandan
3. GKJ Gayamprit
4. GKJ Gumulan
   1. Pepanthan Jomboran
5. GKJ Trucuk
6. GKJ Jonggrangan

Klasis Sragen

1. GKJ Sragen
2. GKJ Gondang
   1. Pepanthan Ringinharjo
   2. Pepanthan Piji
   3. Pepanthan Bangoan
3. GKJ Taman Asri
   1. Pepanthan Jagan
   2. Pepanthan Mojorejo
   3. Pepanthan Gandil-Talang
4. GKJ Sambirejo
   1. Pepanthan Jatianom
   2. Pepanthan Pelang
   3. Pepanthan Menjing
5. GKJ Sidomulyo
6. 1. Pepanthan Tangen
7. GKJ Gambiran
   1. Pepanthan Masaran
   2. Pepanthan Karang Tengah
8. GKJ Jagan
   1. Pepanthan Jagan
9. GKJ Tanon
   1. Pepanthan Baleharjo
   2. Pepanthan Mondokan
   3. Pepanthan Padas
   4. Pepanthan Plupuh
   5. Pepanthan Sumberlawang
   6. Pepanthan Tenggak
10. GKJ Jambangan
    1. Pepanthan Jambangan
    2. Pepanthan Tawangsari
    3. Pepanthan Wonokerso
    4. Pepanthan Mojokerto
11. GKJ Jatisumo
    1. Pepanthan Jenar
    2. Pepanthan Ngombo
12. GKJ Jambeyan
    1. Pepanthan Basan
    2. Pepanthan Sambungblader
13. GKJ Jenawi Karanganyar
    1. Pepanthan Jambon
    2. Pepanthan Menjing
    3. Pepanthan Seloromo
    4. Pepanthan Balong
    5. Pepanthan Sumbersari

Klasis Blora-Bojonegoro

1. GKJ Blora
   1. Pepanthan Tambaksari
   2. Pepanthan Gagaan
   3. Pepanthan Kunduran
   4. Pepanthan Jepon
   5. Pepanthan Ngawen
2. GKJ Cepu
   1. Pepanthan Ngraho
   2. Pepanthan Sambeng
   3. Pepanthan Sambong
   4. Pepanthan Sorogo
   5. Pepanthan Gadu
3. GKJ Randublatung
   1. Pepanthan Mulyorejo
   2. Pepanthan Menden
4. GKJ Pulo Kedungtuban
   1. Pepanthan Betekan
   2. Pepanthan Kapuan
5. GKJ Japah
   1. Pepanthan Gabeng
6. GKJ Rembang
   1. Pepanthan Sudan
   2. Pepanthan Kragan
   3. Pepanthan Segoromulyo
   4. Pepanthan Pamotan
7. GKJ Lasem
   1. Pepanthan Sale
   2. Pepanthan Gepuro
8. GKJ Tuban Jawa Timur
   1. Pepanthan Leran
   2. Pepanthan Semanding
   3. Pepanthan Rengal-Loko
9. GKJ Singgahan Jawa Timur

Klasis Yogyakarta Barat

1. GKJ Wirobrajan Yogyakarta
   1. Pepanthan Gedongkiwo
2. GKJ Jatimulyo Yogyakarta
   1. Pepanthan Gondolayu
   2. Pepanthan Mlati
3. GKJ Medari Sleman
   1. Pepanthan Cebongan
   2. Pepanthan Tempel
   3. Pepanthan Japanan
   4. Pepanthan Mancasan
4. GKJ Rewulu
   1. Pepanthan Godean
   2. Pepanthan Sumber Gamol
   3. Pepanthan Gancahan VIII
5. GKJ Kebonagung
6. GKJ Ngento-ento
7. GKJ Demakijo
   1. Pepanthan Sanggrahan
8. GKJ Sedayu Bantul
   1. Pepanthan Sengon
   2. Pepanthan Sungapan
   3. Pepanthan Kaliurang
9. GKJ Gamping

Klasis Yogyakarta Utara

1. GKJ Samirono Baru Yogyakarta
2. GKJ Condongcatur Sleman
3. GKJ Maguwoharjo
4. GKJ Tanjungtirto
   1. Pepanthan Delegan
   2. Pepanthan Mojosari
5. GKJ Ambarrukma
   1. Pepanthan Nologaten
6. GKJ Pakem
   1. Pepanthan Asih
   2. Pepanthan Selorejo
   3. Pepanthan Tanen
7. GKJ Sarimulyo
8. GKJ Dayu
9. GKJ Minomartani
10. GKJ Tulung
11. GKJ Karangbendho Bantul

Klasis Yogyakarta Selatan

1. GKJ Gondokusuman Yogyakarta
2. GKJ Mergangsan Yogyakarta
   1. Pepanthan Joyodiningratan
3. GKJ Kotagede Yogyakarta
4. GKJ Brayat Kinasih Yogyakarta
5. GKJ Bambu Tegalrejo Yogyakarta
6. GKJ Bantul
   1. Pepanthan Siyangan
7. GKJ Patalan
   1. Pepanthan Imogiri
8. GKJ Gunturgeni
9. GKJ Sumberagung
   1. Pepanthan Kalibeso
10. GKJ Canden
11. GKJ Madukismo
    1. Pepanthan Karangjati
    2. Pepanthan Kasongan
12. GKJ Jodhog
13. GKJ Sidomulyo
    1. Pepanthan Parangtritis
14. GKJ Wonocatur
15. GKJ Pundong

Klasis Kulon Progo

1. GKJ Wates
   1. Pepanthan Cumethuk
   2. Pepanthan Kalinongko
   3. Pepanthan Sidomulyo
   4. Pepanthan Butuh
2. GKJ Wates Selatan
   1. Pepanthan Wonogiri
   2. Pepanthan Galur
   3. Pepanthan Depok
   4. Pepanthan Triharjo
3. GKJ Sentolo
   1. Pepanthan Jangkang
   2. Pepanthan Tuksono
4. GKJ Temon
   1. Pepanthan Seling
   2. Pepanthan Glagah
   3. Pepanthan Kalidengen
5. GKJ Kalipenten
6. GKJ Palihan
7. GKJ Ngulakan
   1. Pepanthan Gunung Penthul
   2. Pepanthan Klepu
   3. Pepanthan Sengir
8. GKJ Gowok
   1. Pepanthan Njarakan
   2. Pepanthan Kleben
9. GKJ Plono
10. GKJ Samigaluh
11. GKJ Nanggulan
    1. Pepanthan Sribit
    2. Pepanthan Karang Gedhe
    3. Pepanthan Kalibawang
12. GKJ Ngentakrejo

Klasis Gunung Kidul

1. GKJ Wonosari
   1. Pepanthan Bendungan
   2. Pepanthan Randukuning
   3. Pepanthan Nglipar
   4. Pepanthan Kebonjero
   5. Pepanthan Hargomulyo
2. GKJ Watusigar
   1. Pepanthan Tambran
   2. Pepanthan Kampung
   3. Pepanthan Tobong
   4. Pepanthan Sambeng
   5. Pepanthan Kemejing
   6. Pepanthan Jurangrejo
   7. Pepanthan Karanggumuk
   8. Pepanthan Daguran
   9. Pepanthan Dawe
3. GKJ Paliyan
   1. Pepanthan Menggoro
   2. Pepanthan Sanglor
   3. Pepanthan Ngembes
   4. Pepanthan Putat
   5. Pepanthan Kalongan
   6. Pepanthan Tungu
4. GKJ Wiladeg
   1. Pepanthan Ngipak
   2. Pepanthan Candi
5. GKJ Baran
   1. Pepanthan Petir
   2. Pepanthan Kentheng
   3. Pepanthan Karangwuni
   4. Pepanthan Pakel
   5. Pepanthan Ngelo
   6. Pepanthan Karangwetan
   7. Pepanthan Jepitu
   8. Pepanthan Karangawen Barat
   9. Pepanthan Karangawen Timur
6. GKJ Logandeng
   1. Pepanthan Gading
   2. Pepanthan Gari
7. GKJ Susukan
   1. Pepanthan Ngagel
   2. Pepanthan Tanggulangin
   3. Pepanthan Wirik
   4. Pepanthan Ngampelombo
   5. Pepanthan Jatisari
   6. Pepanthan Bedoyo
   7. Pepanthan Tambakromo
   8. Pepanthan Kenteng
8. GKJ Pugeran
   1. Pepanthan Semin
   2. Pepanthan Sumberejo
   3. Pepanthan Candirejo
   4. Pepanthan Sempu
   5. Pepanthan Payaman
9. GKJ Kemadang
   1. Pepanthan Planjan
   2. Pepanthan Sumber
   3. Pepanthan Ngepoh
   4. Pepanthan Banjarejo
   5. Pepanthan Bintaos
10. GKJ Sabda Adi Semanu
    1. Pepanthan Regedeg
    2. Pepanthan Bantalwatu
11. GKJ Semanu Baru
    1. Pepanthan Panggul
    2. Pepanthan Cuwela
12. GKJ Bejiharjo
    1. Pepanthan Karanganom
    2. Pepanthan Grogol
13. GKJ Panggang

Wilayah Pelayanan di Sumatera Utara

1. GKJ Immanuel Madirsan Tanjung Morawa Deli Serdang Sumatera Utara (dalam asuhan bersama HKBP Ressort Medan-Distrik X Medan-Aceh)
2. GKJ Agung Sei Rotan Percut Sei Tuan Deli Serdang Sumatera Utara (dalam asuhan bersama HKBP Ressort Medan Timur-Distrik X Medan-Aceh)
3. GKJ Sehati Kampung Kolam Percut Sei Tuan Deli Serdang Sumatera Utara (dalam asuhan bersama HKBP Ressort Saroha-Distrik XXXI Medan Utara)
4. GKJ Pematangsiantar Sumatera Utara (dalam pengampuan GKJ Tanjung Priok Jakarta)
   1. Bajem Cokrosusilo Pematangsiantar Sumatera Utara