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Chemistry Development Kit
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Chemistry Development Kit, CDK, è una libreria Java open source per la chemioinformatica e la bioinformatica.[1] È disponibile per sistemi Windows, macOS, Linux e Unix. È distribuito sotto licenza GNU LGPL.
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Storia
Chemistry Development Kit fu creato nel 2000 da Christoph Steinbeck, Egon Willighagen e Dan Gezelter, gli sviluppatori di Jmol e JChemPaint in quel periodo, allo scopo di creare una base di codici comuni a questi due progetti. Da allora molte persone hanno contribuito al progetto, portando a un ricco insieme di funzionalità come descritto successivamente.
Libreria
CDK stesso è una libreria, piuttosto che un programma per l'utilizzo finale. Tuttavia, è stato integrato in vari ambienti per renderne disponibile la sua funzionalità. CDK è attualmente utilizzato in diverse applicazioni, tra le quali CDK-Taverna, Bioclipse e Cinfony.
Funzionalità principali
Chemioinformatica
- Edizione e generazione di molecole in 2D
- Generazione di geometrie 3D
- Ricerca strutturale (substruttura o struttura esatta)
- Calcolo dei descrittori QSAR[2]
- Calcolo delle impronte binarie (fingerprint)
- Calcoli force field
- Supporto di molti formati dei file chimici
- Generatori di struttura
Bioinformatica
- Rivelazione dei siti attivi delle proteine
- Rivelazione dei ligandi simili DOI: 10.1016/j.jmb.2006.09.041
Generale
Note
Voci correlate
Collegamenti esterni
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