Protomero

In biologia strutturale, il protomero è l'unità strutturale di una proteina oligomerica. È la più piccola unità composta da almeno due catene proteiche diverse che formano un etero-oligomero più grande in associazione a due o più copie di questa unità.

Il termine fu introdotto da Chetverin^[1] per rendere non ambigua la nomenclatura nell'enzima Na+/K+-ATPasi. Quest'ultimo è composto da due subunità: una grande subunità catalitica α e una più piccola subunità glicoproteica β (oltre a un proteolipide chiamati subunità γ). All'epoca non era chiaro come funzionassero insieme. Inoltre, quando si parlava di dimero, non era chiaro se ci si riferisse ad αβ o a (αβ)₂. Chetverin suggerì di classificare αβ come protomero e (αβ)₂ come diprotomero.

I protomeri di solito si organizzano secondo una simmetria ciclica per formare simmetrie a gruppo puntuale chiuso.

In chimica, un protomero è una molecola che mostra tautomerismo per la posizione di un protone.^[2][3]

Esempi

Virus icosaedrico con envelope

L'emoglobina è un eterotetramero composto da quattro subunità (due α e due β). Dal punto di vista strutturale e funzionale, la molecola è meglio descritta come (αβ)₂, ovvero un dimero di due αβ-protomeri, cioè un diprotomero.^[4]

L'aspartato carbammiltransferasi ha una composizione di subunità α₆β₆. I sei six αβ-protomeri sono disposti seconda una simmetria D₃.

I capsidi virali sono spesso composti di protomeri. Il protomero nei virus rappresenta la catena polipeptidica ripiegata facente parte della composizione del capside andando a determinarne la forma. Il modo in cui si dispongono formano un capside ad icosaedro o a spirale.

Esempi in chimica comprendono la tirosina e l'acido 4-amminobenzoico. Il primo può essere deprotonato per formare anioni di carbossilato e fenossido^[5] e il secondo può essere protonato in gruppi aminici o carbossile.^[6]