Tn-grid

TN-Grid ^[1] è un contenitore di progetti di volunteer computing su piattaforma BOINC, sviluppato e sostenuto dalla Area di Ricerca di Trento del Consiglio Nazionale delle Ricerche e ospitato dall'Università di Trento.

Progetti

Attivo dal 2014, ospita il progetto gene@home^[2], in collaborazione con la Fondazione Edmund Mach, che si occupa di estendere le reti geniche (GRN), utilizzando come punto di partenza organismi modello ben noti (come Escherichia coli) per poi confrontare i risultati in silico con quelli in vitro, aumentando così la comprensione dei processi biologici sottostanti. L'algoritmo che si occupa di trovare le relazioni causali tra geni è chiamato PC-IM e si basa sul coefficiente di Pearson. Il codice sorgente del progetto è open source.

Finalità scientifiche

La conoscenza delle espansioni delle rete geniche di organismi modello (e le loro variazioni), consente di applicare gli stessi algoritmi anche ad altre piante, animali e finanche all'essere umano, permettendo una migliore conoscenza di questo settore di ricerca, con possibili conseguenze in campo medico o, come con Vitis vinifera, per permettere un minor ricorso ai pesticidi.

A tutt'oggi le simulazioni hanno riguardato:

• Arabidopsis thaliana (completata)
• Escherichia coli (in corso)
• Vitis vinifera (completata)
• Pseudomonas aeruginosa (in corso)
• Homo sapiens (in corso). In particolare i ricercatori si stanno concentrando sulle ricerche riguardanti il tumore della prostata e le malattie coronariche.

Piattaforme compatibili

L'applicativo del progetto, oltre a funzionare sulle principali piattaforme software (Windows, Linux, Mac OS X), è compatibile con l'architettura ARM con distribuzioni Linux (come, ad esempio, Raspberry).

Applicativi ottimizzati

Grazie alla collaborazione di alcuni volontari, è stato possibile creare degli applicativi ottimizzati per CPU, utilizzando le estensioni SSEx, AVX e FMA, che migliorano in maniera sensibile la velocità di esecuzione dei calcoli.