宮崎県の二級水系一覧（みやざきけんのにきゅうすいけいいちらん）では、宮崎県を流れる水系のうち、宮崎県が管理する二級水系を記述する。2006年11月1日現在、53水系、237河川ある。
リストの順序は、北から南に、河口の位置を基準にして並んでいる。地形順の参考として一級水系（国土交通省管轄）も記載している。括弧内の水系名が一級水系。
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| 水系名 | 河川延長(km) | 流域面積(km2) | 河川数 | 河口所在地 | 備考 |
| 市振川 |
2.0 | | 1 | 延岡市 | |
| 古江川 |
3.0 | | 2 | 延岡市 | |
| 中港川 |
1.5 | | 1 | 延岡市 | |
| 阿蘇川 |
1.0 | | 1 | 延岡市 | |
| 熊野江川 |
3.0 | | 2 | 延岡市 | |
| 須美江川 |
3.0 | | 1 | 延岡市 | |
| 浦尻川 |
2.3 | | 2 | 延岡市 | |
| （五ヶ瀬川） |
106 | 1820 | 102 | 延岡市 | 一級水系 |
| 沖田川 |
11.0 | | 4 | 延岡市 | |
| 浦上川 |
1.3 | | 1 | 延岡市 | |
| 丸バエ川 |
3.0 | | 1 | 門川町 | |
| 鳴子川 |
4.0 | | 2 | 門川町 | |
| 五十鈴川 |
43.9 | | 8 | 門川町 | いすずがわ |
| 庄手川 |
2.8 | | 2 | 日向市 | |
| 亀崎川 |
3.0 | | 1 | 日向市 | |
| 塩見川 |
7.0 | | 4 | 日向市 | |
| 赤岩川 |
4.2 | | 1 | 日向市 | |
| 耳川 |
91.1 | | 29 | 日向市 | |
| 石並川 |
6.7 | | 1 | 日向市 | |
| 水無川 |
2.0 | | 1 | 都農町 | |
| 心見川 |
7.0 | | 3 | 都農町 | |
| 都農川 |
4.2 | | 2 | 都農町 | |
| 名貫川 |
14.7 | | 1 | 都農町、川南町 | |
| 平田川 |
17.0 | | 6 | 川南町 | へいだがわ |
| （小丸川） |
75 | 474 | 16 | 高鍋町 | 一級水系 |
| 一ツ瀬川 |
85.7 | | 60 | 新富町、宮崎市 | |
| 石崎川 |
23.2 | | 9 | 宮崎市 | |
| （大淀川） |
107 | 2230 | 134 | 宮崎市 | 一級水系 |
| 清武川 |
29.5 | | 20 | 宮崎市 | |
| 加江田川 |
10.6 | | 2 | 宮崎市 | |
| 知福川 |
4.3 | | 1 | 宮崎市 | |
| 突浪川 |
2.7 | | 1 | 宮崎市 | |
| 内海川 |
3.8 | | 2 | 宮崎市 | |
| 野島川 |
0.65 | | 1 | 宮崎市 | |
| 小内海川 |
1.3 | | 1 | 宮崎市 | |
| 鶯巣川 |
0.43 | | 1 | 日南市 | おおさがわ |
| 伊比井川 |
5.03 | | 1 | 日南市 | |
| 富土川 |
5.24 | | 1 | 日南市 | ふとがわ |
| 宮浦川 |
3.0 | | 1 | 日南市 | |
| 手洗川 |
1.1 | | 1 | 日南市 | |
| 大浦川 |
0.9 | | 1 | 日南市 | |
| 風田川 |
2.5 | | 2 | 日南市 | |
| 広渡川 |
39.0 | | 29 | 日南市 | |
| 隈谷川 |
7.6 | | 1 | 日南市 | |
| 細田川 |
14.2 | | 4 | 日南市 | |
| 潟上川 |
8.7 | | 1 | 日南市 | |
| 贄波川 |
1.36 | | 1 | 日南市 | にえなみがわ |
| 市木川 |
7.0 | | 1 | 串間市 | |
| 大納川 |
1.0 | | 1 | 串間市 | おおのがわ |
| 宮之浦川 |
1.5 | | 1 | 串間市 | |
| 都井川 |
1.6 | | 2 | 串間市 | |
| 永田川 |
1.4 | | 1 | 串間市 | |
| 本城川 |
5.9 | | 2 | 串間市 | |
| 千野川 |
3.6 | | 1 | 串間市 | |
| 福島川 |
23.4 | | 9 | 串間市 | |
| 安楽川 |
1.2 | | 1 | 志布志市 | [1] |
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