Long interspersed nuclear element
Uit Wikipedia, de vrije encyclopedia
Een long interspersed nuclear element (LINE) (lang verspreid kernelement) is een 6 - 7 kbp lang, vaak herhaald (repeat) en relatief vrij verspreid voorkomende DNA-sequentie in een genoom.[1] De eerste beschrijving van een ongeveer 6,4 kb lange LINE werd in 1980 door J. Adams et al. gepubliceerd.[2]
Een LINE bestaat uit een interne promotor voor het RNA-polymerase II, een 5' niet transcripteerbaar gebied en twee open leesramen. LINE's zijn springende genen, die een ribonucleïnezuur (RNA) als tussenstap gebruiken (retro-element) en geen long terminal repeat (lang eindstandige herhaling) bevatten. Ze vermeerderen zich door retrotranspositie, waarbij eerst een RNA-transcriptie gemaakt wordt, waarvan vervolgens met het enzym reverse-transcriptase weer DNA gemaakt wordt. De twee open leesramen geven twee eiwitten: een voor de binding en transport van RNA en één met een activiteit voor een reverse transcriptase en een endonuclease.
De interne promotor zorgt ervoor dat het RNA-polymerase II uit zich zelf de transcriptie uitvoert. De endonuclease knipt op een bepaalde sequentie het DNA door (vaak is dit een oligo(dT). dT=desoxythymidine) en zorgt zo voor een vrij 3'-OH, dat weer als primer voor de reverse transcriptie dient. Aan dit oligo(dT) maakt zich een oligo(A)-staart (functie van de poly(A)-staart) vast, waarmee het LINE-mRNA als matrijs kan dienen. Het gevormde cDNA wordt in het genoom opgenomen.[3] Vaak loopt de reverse transcriptase niet door tot het 5'-eind van de LINE-matrijs, waardoor maar een kleiner deel van de LINE in het genoom nog als springend gen kan werken.[4]