Op het gebied van de biologie en evolutietheorie was hij aanhanger van de theorie van het polygenisme, die uitging van de hypothese dat de volkeren van verschillende voorvaderen afstammen. Zodoende was hij een tegenstander van de evolutietheorie van Charles Darwin.
Nouvelles études et expériences sur les glaciers actuels, 1847
1829. met Spix, J.B. von & Martius, K.F.P. von. Selecta genera et species piscium quos in itinere per Brasiliam annos MDCCCXVII–MDCCCXX jussu et auspiciis Maximiliani Josephi I colleget et pingendos curavit Dr J.B. de Spix. deel 1: i–xvi, 1–82, pl. 1–48; BHL
1831. met Spix, J.B. von & Martius, K.F.P. von. Selecta genera et species piscium quos in itinere per Brasiliam annos MDCCCXVII–MDCCCXX jussu et auspiciis Maximiliani Josephi I colleget et pingendos curavit Dr J.B. de Spix. deel 2: 83–138, pl. 49–101; BHL
1832. Untersuchungen über die fossilen Süsswasser-Fische der tertiären Formationen. Neues Jahrbuch für Mineralogie, Geognosie, Geologie und Petrefaktenkunde1832: 129–138; Hathitrust
1834. Abgerissene Bemerkungen über fossile Fische. Neues Jahrbuch für Mineralogie, Geognosie, Geologie und Petrefaktenkunde1834: 379–390; BHL
1833–1844. Recherches sur les poissons fossiles. (verschijningsdata van de afzonderlijke leveringen[1][2][3] zijn essentieel voor de prioriteit van de erin gepubliceerde wetenschappelijke namen)
1834. Ueber die Echinodermen. Isis1834(3): 254–257; BHL
1835. Notice sur les fossiles du terrain crétacé du Jura Neuchâtelois. Mémoires de la Société des Sciences Naturelles de Neuchâtel1: 126–145; BHL
1835. Prodrome d'une monographie des radiaires ou échinodermes. Mémoires de la Société des Sciences Naturelles de Neuchâtel1: 168–199; BHL
1835. Kritische Revision der in der Ittiolitologia Veronese abgebildeten fossilen Fische. Neues Jahrbuch für Mineralogie, Geognosie, Geologie und Petrefaktenkunde1835: 290–316; BHL
1838–1842. Monographies d'Échinodermes, vivans et fossiles
1838. Échinites. Famille des Cidarides. Première Monographie. Des Salénies. 1–32, pl. 1–5; BHL
1841. Observations sur les progrès récens de l'histoire naturelle des échinodermes. 3–20; BHL
1841. Échinites. Famille des Clypéastroides. Seconde Monographie. Des Scutelles. 1–151, pl. 1–27; BHL
1841. Préface (bij Valentin's Anatomie du genre Echinus). i–x; BHL
1839. Mémoire sur les moules de mollusques vivans et fossiles. 1–48, pl. 1–9; BHL
1839. Description des Échinodermes fossiles de la Suisse; première partie. Spatangoides et Clypéastroides. Neue Denkschriften der Allgemeinen Schweizerischen Gesellschaft für die Gesammten Naturwissenschaften3(3): 1–101, pl. 1–13; BHL
1839–1842. Histoire naturelle des poissons d'eau douce de l'Europe centrale; BHL
1840. Description des Échinodermes fossiles de la Suisse; seconde partie. Cidarides. Neue Denkschriften der Allgemeinen Schweizerischen Gesellschaft für die Gesammten Naturwissenschaften4(2): 1–108, pl. 14–23; BHL
1844. Metaporinus michelini. Bulletin de la Société Géologique de France, sér. 2, 1: 730; Jubilothèque
1844–1845. Monographie des poissons fossiles du Vieux Grès Rouge ou Système Dévonien (Old Red Sandstone) des Iles Britanniques et de Russie; BHL
1846. met Desor, P.J.E.. Catalogue raisonné des familles, des genres, et des espèces de la classe des échinodermes. Annales des Sciences Naturelles, Zoologie sér. 3, 6: 305–374; BHL
1847. met Desor, P.J.E.. Catalogue raisonné des espèces, des genres, et des familles d'échinides. Annales des Sciences Naturelles, Zoologie sér. 3, 7: 129–168; BHL
1847. met Desor, P.J.E.. Catalogue raisonné des espèces, des genres, et des familles d'échinides. Annales des Sciences Naturelles, Zoologie sér. 3, 8: 5–35; BHL, 355–380 BHL
1848. Nomenclatoris Zoologici Index Universalis, continens nomina systematica classium, ordinum, familiarum et generum animalium omnium, tam viventium quam fossilium, secundum ordinem alphabeticum unicum disposita, adjectis homonymus plantarum nec non variis adnotationibus et emendationibus. 1–1135; BHL
1848. met Gould, A.A.. Principles of Zoology ... for the use of schools and colleges; BHL
1850. Worms of the coast of Massachusetts. Proceedings of the Boston Society of Natural History3: 190–191; BHL
1850. On the embryology of Ascidia and the characteristis of new species from the shores of Massachusetts. Proceedings of the American Association for the Advancement of Science2: 157–159
1850. Lake Superior: its physical character, vegetation and animals, compared with those of other and similar regions; BHL
1852. Ueber die Gattungen unter den nordamerikanischen Najaden. Archiv für Naturgeschichte18(1): 41–52; BHL
1853. Extraordinary fishes from California, constituting a new family, described by L. Agassiz. American Journal of Science and Arts ser. 2, 16(48): 380–390; BHL
1854. Notice of a collection of fishes from the southern bend of the Tennessee River, in the State of Alabama. American Journal of Science and Arts ser. 2, 17(50): 297–308; BHL, 17(51): 353–365 BHL
1854. Additional notes on the Holconoti. American Journal of Science and Arts ser. 2, 17(51): 365–369; BHL
1857–1877. Contributions to the Natural History of the United States of America.
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