PHYLIP
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PHYLIP (PHYLogeny Inference Package) é um pacote de programas de filogenética computacional, de licença livre, para inferência de árvores evolucionárias (filogenias).[1] O nome é um acrônimo para PHYLogeny Inference Package. É constituído por 35 programas portáveis, ou seja, o código-fonte é escrito em C e executáveis pré-compilados estão disponíveis para Windows(95/98/NT/2000/me/XP), Mac OS 8 and 9, Mac OS X, e sistemas Linux.[2]
PHYLogeny Inference Package | |
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PHYLIP | |
Desenvolvedor | Joseph Felsenstein |
Escrito em | C |
Sistema operacional | MS-Windows (95/98/NT/2000/me/XP), Mac OS 8 e 9, Mac OS X, e Linux |
Gênero(s) | Bioinformática |
Licença | livre |
Página oficial | Phylip |
A documentação completa é escrito para todos os programas do pacote e faz parte do pacote. O autor deste pacote é Joseph Felsenstein, Professor no Departamento de Ciências Genômicas e do Departamento de Biologia da Universidade de Washington, Seattle.[3]
Métodos (implementados para cada programa) que estão disponíveis no pacote incluem máxima parcimônia, matriz de distâncias e da máxima verossimilhança, incluindo calcular apoio estatístico para clados (bootstrapping) e árvores de consenso. Os tipos de dados que podem ser manuseados incluem seqüencias moleculares, freqüências gênicas, sítios de restrição e fragmentos, matrizes de distância, e caracteres discretos.[2]
O PHYLIP é um programa a partir de linha de comando e não tem uma interface do tipo aponte-clique. [4] Cada programa é controlado através de um menu, que pede aos usuários quais as opções que deseja definir, e permite-lhes iniciar o cálculo. Os dados são lidos no programa a partir de um arquivo de texto, que o usuário pode preparar utilizando qualquer processador de texto ou editor de texto (mas é importante que este arquivo de texto não esteja em um formato especial do processador de texto— ele deve ser em vez disso estar em Flat ASCII ou Formato somente texto). Alguns programas de análise de sequência, como o programa de alinhamento ClustalW podem gravar arquivos de dados no formato PHYLIP. A maioria dos programas procuram os dados em um arquivo chamado infile— se eles não encontram esse arquivo, pedem então que o usuário digite o nome do arquivo de dados.[2]
A saída é escrita em arquivos com nomes como outfile
e outtree. Árvores gravadas em outtree estão no formato Newick, um padrão informal acordado em 1986 por autores dos principais pacotes de filogenia.