AlphaFold

AlphaFold — программа на базе искусственного интеллекта (AI), разработанная Google DeepMind, которая выполняет предсказания пространственной структуры белка^[2]. Программа разработана как система глубокого обучения^[3].

AlphaFold
Тип	модель искусственного интеллекта[вд] и ИИ
Разработчик	Google DeepMind
Написана на	Python
Первый выпуск	2018
Последняя версия	3 (8 мая 2024[1])
Репозиторий	github.com/google-deepmi…
Лицензия	Apache License 2.0
Сайт	alphafold.com
Медиафайлы на Викискладе

AlphaFold имеет две основные версии. Команда исследователей, использовавшая AlphaFold 1, заняла первое место в общем рейтинге 13-й СASP в декабре 2018 года. Программа оказалась особенно успешной в предсказании структур белков в категории, которую организаторы конкурса оценивали как самую сложную — когда для белков с частично похожей последовательностью не было доступно существующих шаблонных структур^[4].

Команда разработчиков AlphaFold 2 участвовала в следующем конкурсе CASP в ноябре 2020 года^[5]. Команда достигла гораздо большей точности, чем любая другая группа. Модель набрала более 90 баллов примерно для двух третей белков в тесте GDT, который измеряет степень, с которой структура, предсказанная вычислительной программой, подобна структуре, определённой лабораторным экспериментом (число 100 соответствует полному совпадению)^[6][7].

Результаты AlphaFold 2 в CASP были охарактеризованы как «поразительные»^[8]. В то же время некоторые исследователи отметили, что точность недостаточно высока для оставшейся трети прогнозов и что не раскрывается механизм и правила сворачивания белка, чтобы проблема сворачивания белка считалась решённой^[9].

15 июля 2021 года статья об AlphaFold2 была размещена в Nature в качестве публикации для предварительного доступа вместе с программным обеспечением с открытым исходным кодом и доступной для поиска базой данных с различными видами белков^{[10][11][12][13]}.

8 мая 2024 года в Nature была размещена статья о новой версии программы — AlphaFold 3^[14][15].

Руководители разработки AlphaFold Демис Хассабис и Джон Джампер были удостоены Нобелевской премии по химии 2024 года за использование AlphaFold 2 для предсказания в области укладки белков^[16].