Лучшие вопросы
Таймлайн
Чат
Перспективы
Bioconductor
Из Википедии, свободной энциклопедии
Remove ads
Bioconductor — масштабный FLOSS-проект, предоставляющий множество отдельных пакетов для биоинформатических исследований. Включает набор инструментов для анализа и понимания геномных данных, аннотированные имена чипов, аннотации биологических последовательностей и т. д., а также сами экспериментальные данные.
Использует язык программирования R, благодаря чему поддерживает кросплатформенность (Linux, большинство UNIX-подобных систем, Mac OS X, Windows). Разрабатывается и распространяется свободно и открыто. Выпуск релизов происходит дважды в год. Обладает активным свободным сообществом разработчиков и учёных, что свойственно хорошим открытым проектам. Описания проекта и изменений в нём выпускаются в виде ежегодного отчёта[1].
На данный момент содержит более 2000 пакетов.
Remove ads
Цели проекта
Основными целями Bioconductor’а являются:
- Обеспечение открытого доступа к широкому кругу мощных статистических и графических методов анализа геномных данных.
- Облегчение включения биологических метаданных в анализ геномных данных, например, литературных данных с PubMed, аннотированных данных с Entrez.
- Обеспечение общей программной платформы, которая позволяет быстро разрабатывать и развёртывать расширяемые, масштабируемые и совместимые программы.
- Дальнейшее научное понимание при создании высококачественной документации для воспроизводимых исследований.
- Обучение исследователей вычислительным и статистическим методам анализа геномных данных.
Remove ads
История проекта
Начало проекта было положено в 2001-м году в Dana Farber Cancer Institute.[2]
Этот раздел нужно дополнить.
Значение проекта
Это пустой раздел, который еще не написан.
Пакеты
Суммиров вкратце
Перспектива
Три основных группы пакетов — это собственно статистические и графические пакеты (Software), аннотационные пакеты (AnnotationData) и экспериментальные данные (ExperimentData).
В скобках указано количество пакетов в группе.
Software (936)
AssayDomain (299)
- aCGH (12)
- CellBasedAssays (38)
- ChIPchip (7)
- CopyNumberVariation (43)
- CpGIsland (6)
- DNAMethylation (38)
- ExonArray (6)
- GeneExpression (131)
- GeneticVariability (23)
- SNP (40)
- Transcription (47)
BiologicalQuestion (261)
- AlternativeSplicing (7)
- Coverage (13)
- DifferentialExpression (164)
- DifferentialMethylation (8)
- DifferentialPeakCalling (1)
- DifferentialSplicing (6)
- FunctionalPrediction (1)
- GeneRegulation (21)
- GeneSetEnrichment (41)
- GeneTarget (1)
- GenomeAnnotation (10)
- GenomicVariation (6)
- LinkageDisequilibrium (1)
- MotifAnnotation (3)
- MotifDiscovery (4)
- NetworkEnrichment (13)
- NetworkInference (17)
- SequenceMatching (17)
- SomaticMutation (4)
- VariantDetection (1)
Infrastructure (186)
- DataImport (82)
- DataRepresentation (34)
- GUI (19)
- ThirdPartyClient (9)
ResearchField (193)
- BiomedicalInformatics (2)
- CellBiology (20)
- Cheminformatics (3)
- FunctionalGenomics (1)
- Genetics (96)
- Metabolomics (12)
- Metagenomics (5)
- Proteomics (65)
- SystemsBiology (10)
StatisticalMethod (261)
- Bayesian (15)
- Classification (65)
- Clustering (89)
- DecisionTree (7)
- DimensionReduction (2)
- FeatureExtraction (2)
- GraphAndNetwork (69)
- HiddenMarkovModel (4)
- NeuralNetwork (1)
- PrincipalComponent (2)
- Regression (7)
- StructuralEquationModels (1)
- SupportVectorMachine (1)
- Survival (4)
- TimeCourse (29)
Technology (591)
- FlowCytometry (36)
MassSpectrometry (44)
Microarray (328)
- ChipOnChip (1)
- MethylationArray (7)
- mRNAMicroarray (3)
- MultiChannel (3)
- OneChannel (68)
- ProprietaryPlatforms (2)
- TwoChannel (53)
- MicrotitrePlateAssay (13)
- qPCR (9)
- SAGE (9)
Sequencing (212)
- ChIPSeq (40)
- DNASeq (6)
- ExomeSeq (3)
- MethylSeq (10)
- Microbiome (3)
- miRNA (4)
- RIPSeq (1)
- RNASeq (76)
- TargetedResequencing (2)
- WholeGenome (3)
WorkflowStep (477)
- Alignment (8)
- Annotation (67)
- BatchEffect (5)
- ExperimentalDesign (2)
- MultipleComparison (76)
- Normalization (15)
Pathways (69)
- GO (33)
- Preprocessing (128)
- QualityControl (95)
- ReportWriting (25)
Visualization (218)
- Network (44)
AnnotationData (895)
ChipManufacturer (374)
- AffymetrixChip (336)
- AgilentChip (15)
- IlluminaChip (19)
- INDACChip (1)
- QiagenChip (1)
- RNG_MRCChip (2)
ChipName (195)
- adme16cod (1)
- ag (3)
- ath1121501 (3)
- celegans (3)
- drosgenome1 (3)
- drosophila2 (3)
- h10kcod (1)
- h20kcod (1)
- hcg110 (3)
- hgfocus (3)
- hgu133a (4)
- hgu133a2 (4)
- hgu133b (3)
- hgu133plus2 (4)
- hgu95a (3)
- hgu95av2 (4)
- hgu95b (3)
- hgu95c (3)
- hgu95d (3)
- hgu95e (3)
- hguatlas13k (1)
- hgug4100a (1)
- hgug4101a (1)
- hgug4110b (1)
- hgug4111a (1)
- hgug4112a (1)
- hguqiagenv3 (1)
- hi16cod (1)
- hs25kresogen (1)
- hu35ksuba (3)
- hu35ksubb (3)
- hu35ksubc (3)
- hu35ksubd (3)
- hu6800 (3)
- HuO22 (1)
- hwgcod (1)
- illuminaHumanv1 (1)
- illuminaHumanv2 (1)
- illuminaMousev1 (1)
- illuminaMousev1p1 (1)
- illuminaRatv1 (1)
- indac (1)
- m10kcod (1)
- m20kcod (1)
- mgu74a (3)
- mgu74av2 (3)
- mgu74b (3)
- mgu74bv2 (3)
- mgu74c (3)
- mgu74cv2 (3)
- mguatlas5k (1)
- mgug4121a (1)
- mgug4122a (1)
- mi16cod (1)
- mm24kresogen (1)
- moe430a (3)
- moe430b (3)
- mouse4302 (4)
- mouse430a2 (4)
- mpedbarray (1)
- mu11ksuba (3)
- mu11ksubb (3)
- Mu15v1 (1)
- mu19ksuba (2)
- mu19ksubb (2)
- mu19ksubc (2)
- Mu22v3 (1)
- mwgcod (1)
- Norway981 (1)
- OperonHumanV3 (1)
- PartheenMetaData (1)
- pedbarrayv10 (1)
- pedbarrayv9 (1)
- r10kcod (1)
- rae230a (3)
- rae230b (3)
- rat2302 (3)
- rgu34a (3)
- rgu34b (3)
- rgu34c (3)
- rgug4130a (1)
- ri16cod (1)
- rnu34 (3)
- Roberts2005Annotation (1)
- rtu34 (3)
- rwgcod (1)
- SHDZ (1)
- u133x3p (3)
- xenopuslaevis (2)
- yeast2 (3)
- ygs98 (4)
- zebrafish (3)
- CustomArray (2)
CustomCDF (16)
- GACustomCDF (16)
CustomDBSchema (11)
- GeneCardsCustomSchema (8)
- FunctionalAnnotation (13)
Organism (532)
- Anopheles_gambiae (4)
- Apis_mellifera (3)
- Arabidopsis_thaliana (12)
- Bacillus_subtilis (2)
- Bos_taurus (11)
- Caenorhabditis_elegans (10)
- Canis_familiaris (12)
- Danio_rerio (12)
- Drosophila_melanogaster (15)
- Escherichia_coli (12)
- Gallus_gallus (9)
- Gasterosteus_aculeatus (2)
- Homo_sapiens (201)
- Hordeum_vulgare (2)
- Macaca_mulatta (7)
- Mus_musculus (103)
- Oryza_sativa (1)
- Pan_troglodytes (6)
- Plasmodium_falciparum (4)
- Pseudomonas_aeruginosa (2)
- Rattus_norvegicus (65)
- Saccharomyces_cerevisiae (18)
- Saccharum_officinarum (2)
- Staphylococcus_aureus (2)
- Sus_scrofa (7)
- Taeniopygia_guttata (2)
- Vitis_vinifera (2)
- Xenopus_laevis (3)
- Xenopus_tropicalis (1)
- Zea_mays (2)
PackageType (524)
- BSgenome (69)
- cdf (126)
- ChipDb (155)
- db0 (19)
- InparanoidDb (8)
- MeSHDb (3)
- OrganismDb (3)
- OrgDb (19)
- probe (104)
- SNPlocs (1)
- TxDb (17)
SequenceAnnotation (3)
- miRNA (3)
ExperimentData (223)
Cancer (35)
- Breast (2)
- Colon (2)
- Kidney (1)
- Leukemia (6)
- Lung (1)
- Ovarian (1)
- ChIPchipData (1)
- ChIPseqData (4)
- EColiData (1)
- ExpressionData (4)
- HapMap (7)
- HighThroughputSequencingData (9)
- HIV (1)
- MassSpectrometryData (7)
- NormalTissue (3)
- RNAExpressionData (16)
- RNAseqData (19)
- StemCells (1)
- Yeast (10)
Remove ads
Релизы
Релизы выходят два раза в год — весной и осенью. Каждый новый релиз в качестве зависимости требует последнюю версию дистрибутива R.
Remove ads
Примеры использования
Это пустой раздел, который еще не написан.
См. также
Примечания
Ссылки
Wikiwand - on
Seamless Wikipedia browsing. On steroids.
Remove ads