Jmol

Jmol je program otvorenog koda, napisan u Javi, za prikazivanje hemijskih struktura u 3D,^[1] za čiji rad nisu neophodni dodaci za 3D ubrzavanje.^[2] Jmol prikazuje 3D reprezentaciju molekula koja se može koristi u nastavi^[3] i u istraživanjima, npr. u oblastima hemije i biohemije. Ovaj besplatni softver otvorenog koda napisan u Javi se može koristiti na Vindousu, Mac OS X, Linuksu i Juniks. Dostupna je i samostalna aplikacija, kao i komplet alata za razvoj, koji se mogu integrisati u druge Java programe, kao što su Bioclipse i Taverna.

Jmol

Jmol je program napisan u Javi za prikazivanje trodimenzionalnih hemijskih struktura.
Izdavač:	Jmol razvojni tim
Vrsta:	Molekulsko modelovanje
Licenca:	LGPL
Web stranica:	www.jmol.org i wiki.jmol.org

Popularno svojstvo je applet koji može da bude integrisan u veb stranice radi prikazivanja molekula na razne načine. Na primer, molekuli se mogu prikazati kao modeli „lopti i štapova「, „prostorno popunjavajući「 modeli, „trakasti「 modeli, etc.^[4] Jmol podržava širok opseg molekularnih formata fajlova, uklučujući Protein Data Bank (pdb), kristalografski informacioni fajl (cif), MDL molfajl (mol), i Chemical Markup Language (CML).^[5]

Jmol aplet, pored drugih mogućnosti, se može koristiti kao alternativu Čajm pluginu,^[3] čiji je razvoj zaustavljen. Mada mnoga svojatava Jmola nisu dostupna u Chime paketu, on nije zamišljen kao sveukupna zamena Chime funkcionalnosti (pre svega, skulpturnog moda). Da bis koristio Chime neophodno je da se instalira plug-in i da se koristi Internet eksploreru 6.0 ili Fajerfoksu 2.0 na Majkrosoft vindousu, ili Netskejp komunikatoru 4.8 na Makintoš OS9. Za upotrebu Jmol-a neophodana je Java instalacija, koja se može koristiti na mnoštvu različitih platformi. Na primer, Jmol je potpuno funkcionalan u Mozilinom fajerfoksu, Internet Eksploreru, Operi, Guglovom Hromu i Safariju.

Snimci ekrana

• 
  Kristalna struktura H/ACA kutije RNP iz Pyrococcus furiosus.
• 
  Prikazana su dva sona mosta hemoglobinskog tetramera (hemo grupa je dole desno).
• 
  Fragment transkripcionog faktora TFIIIA, koji formira tri konsekutivna motiva cinkanog prsta, vezan za DNK segment.
• 
  Eubakterijski 70S ribozom iz Thermus thermophilus.

Povezano

• Spisak molekulskih grafičkih sistema
• Spisak softvera za molekularno mehaničko modelovanje
• Chemistry Development Kit (CDK)
• Molekulska grafika
• PyMOL
• Jmol za Medijaviki