CHARMM
From Wikipedia, the free encyclopedia
Remove ads
polja sila
polja sila za proteine uključuju: ujedinjeni-atom (ponekad zvan "produženi atom") [1], sve-atomska verzija [2], i njegova varijanta sa popravljenim dihedralnim potencijalom .[3] U proteinskom polju sila, atomski parcijalni naboji su izvedeni is kvantnih hemijskih proračuna interakcija između modelovanih jedinjenja i vode. Osim toga, je parametriziran za eksplicitni model vode. I pored toga, on je frekventno korišćen sa implicitnim rastvaračima. 2006. godine, specijalna verzija CHARMM22/CMAP je reparametrizirana za konzistentnu upotrebu sa implicitnim rastvaračem, .[4]
Za DNK, RNK, i lipide, [5] je korišćen. Neka polja sila se mogu kombinovati, na primer i za simulaciju protein-DNK vezivanja. Dodatno, parametri za , šećere, fluorisana jedinjenja, itd. mogu se preuzeti. Brojevi verzija polja sila se odnose na verziju u kojoj su se prvo pojavili, ali mogu biti korišćeni sa kasnijim verzijama CHARMM izvršnog programa. Isto tako, ta polja sila se mogu koristiti u okviru drugih molekulsko dinamičkih programa.
2009. godine, generalno polje sila za molekule poput lekova () je uvedeno. Ono pokriva široki opseg hemijskih grupa prisutnih u biomolekulima i molekulima poput lekova, uključujući veliki broj hetero-cikličnih osnova.[6] Generalno polje sila je dizajnirano da pokriva bilo koju kombinaciju hemijskih grupa. To neizbežno dolazi sa cenom smanjene tačnosti reprezentacije bilo koje specifične pod-klase molekula. Korisnici se uzastopno upozoravaju na MacKarellovom vebsajtu da ne koriste parametre za molekule za koje specijalizovana polja sila već postoje (to su kao što je napomenuto proteini, nukleinske kiseline, itd).
CHARMM isto tako sadrži polarizabilna polja sila koja su formirana koristeći dva pristupa. Jedan je baziran na modelu fluktuirajućeg napona (), koji je isto poznat kao ekvilibracija napona ().[7][8] Drugi je baziran na Drudeovom modelu oscilatora disperzije[9][10]
Parametri za sva ova polja sila su slobodno dostupni.[11]
Remove ads
CHARMM molekularno dinamički program
program omogućava izvođenje i analizu širokog kruga molekularnih simulacija. Najosnovnija vrste simulacija su minimizacija date strukture, i računanje trajektorije molekularne dinamike. Savršenije vrste su perturbacija slobodne energije (engl. ), procena kvazi-harmonične entropije, korelaciona analiza, i kombinovani kvantni i molekulsko mehanički () metodi.
je jedan od najstarijih programa molekularne dinamike. On je akumulisao ogroman broj osobina, neke od njih su duplicirane pod nekoliko naredbi sa malim varijacijama. To je neizbežan rezultat velikog broja pogleda i grupa koje rade na širom sveta. Imena i afiliacije glavnih kontributora se mogu naći u dnevniku promena kao i u izvornom kodu. Učešće i koordinacija grupe Čarlsa L. Bruksa III sa Mičigenskog univerziteta je vidna.
Remove ads
CHARMM i Volontersko Računarstvo
- Docking@Home, koje održava Delaverski univerzitet, jedan je od projekata koji koriste platformu otvorenog koda za distribuirano računarstvo, BOINC, i CHARMM da analiziraju detalje protein-ligand interakcija.
- Mreža svetke zajednice (engl. ), koju sponzira IBM, vodi projekat pod imenom projekat čiste energije Архивирано на веб-сајту (14. април 2009) koji isto tako koristi CHARMM.
Vidi još
- Ascalaph Dizajner
- Implementacija polja sila
- Lista softvera za molekularno mehaničko modelovanje
Literatura
Spoljašnje veze
Wikiwand - on
Seamless Wikipedia browsing. On steroids.
Remove ads