Konformaciona promena proteina

Konformaciona promena proteina je promena oblika molekula. Proteini su fleksibilni makromolekuli. Prostorni oblici molekula se nazivaju konformacije, a prelaz između njih je konformaciona promena. Makromolekulska konformaciona promena može biti uzrokovana mnogim faktorima kao što su promena temperature, , napona, jonske koncentracije, ili vezivanjem liganda.^[1]

Eksperimentalne tehnike

Mnoge biofizičke tehnike kao što su kristalografija, NMR, i FRET^[2] se mogu koristiti da se studiraju makromolekularne konformacione promene. Dualna polarizaciona interferometrija je eksperimentalna tehnika koja omogućava merenje konformacionih promena molekula u stvarnom vremenu u veoma visokoj rezoluciji.

Specifična nelinearna optička tehnika koja se naziva sekundarno-harmoničko generisanje () je nedavno bila primenjena na studiranje konformacionih promena proteina. U ovom metodu, sekundarni-harmonik-aktivna sonda je stavljena na mesto u kome dolazi do kretanja u proteinu mutagenezom, ili vezivanjem koje nije specifično za lokaciju. Protein je apsorbovan ili specifično imobilisan na površini. Promena u proteinskoj konformaciji proizvodi promenu u neto orijentaciji relativno na površinsku ravan, i stoga promenu intenziteta drugog harmonika. U proteinskom uzorku sa dobro definisanom orijentacijom, ugao nagiba sonde se može kvantitativno odrediti, u realnom prostoru i vremenu. Drugi-harmonik-aktivne neprirodne aminokiseline se takođe mogu koristiti kao sonde.^[3]

Vidi još

• Baza podataka makromolekulskog kretanja (molmovdb)
• Proteinska dinamika