SCOP

Structural Classification of Proteins (SCOP, Türkçe Proteinlerin Yapısal Sınıflandırması), veritabanı, protein yapısal bölgelerinin amino asit dizleri ve üç boyutlu yapılarına dayanarak protein yapısal bölgelerinin (domain) elle yapılmış bir sınıflandırmasıdır. İlk kez 1995'te yayımlanmış olan bu veritabanı en az yılda bir yenilenmektedir.^[1][2][3]

Hiyerarşik yapısı

SCOP sınıflandırma için dört hiyerarşik sınıflandırma seviyesi kullanır:

1. Sınıf - bölgenin genel yapısal mimarisi.
2. Katlama - düzgün ikincil yapıların benzerliği, ama evrimsel akrabalık belirtisi yok.
3. Süperaile - Yapısal ve işlevsel benzerliklerden ıraklaşmış (ing. divergent) evrimsel ilişki çıkarımı yapılabiliyor ama görünür bir dizi homolojisi yok
4. Aile - dizi benzerliği algılanabiliyor.

Yapısal sınıflar

Aşağıdaki yapısal sınıflar SCOP'a dahildir:

1. α-helical bölgeler
2. β-sheet bölgeler
3. α/β domains Başlıca paralel &beta yapraklar meydana getiren "beta-alpha-beta" yapısal birimlerden oluşmuş proteinler
4. α+β domains birbirinden bağımsız α-sarmal ve antiparalel β-yapraklardan oluşmuş
5. çoklu bölgeli proteinler
6. membran ve hücre yüzeyi proteinleri ve peptitleri (immün sistemle ilişkili olanlar hariç)
7. "küçük" proteinler
8. burgulu burgu (coiled-coil) proteinler
9. düşük çözünürlüklü protein yapıları
10. peptidler and parçaları
11. suni dizili tasarlanmış proteinler