Dendrogram

Dendrogramma ile karıştırılmamalıdır.

Bir dendrogram veya dendogram, bir ağacı temsil eden bir diyagramdır. Bu şekilsel gösterim, farklı bağlamlarda sıklıkla kullanılır:

• hiyerarşik kümelemede, ilgili analizler tarafından üretilen kümelerin düzenini gösterir.^[4]
• hesaplamalı biyolojide, genlerin veya örneklerin kümelenmesini, bazen ısı haritalarının (yoğunluk haritalarının) kenarlarında gösterir.^[5]
• filogenetikte, çeşitli biyolojik taksonlar arasındaki evrimsel ilişkileri gösterir. Bu durumda, dendrograma filogenetik ağaç da denir.^[6]

Düğümlerin yüksekliğine sahip hiyerarşik bir kümelenmenin (UPGMA) dendrogramı (bakteriyel 5S rRNA dizisi verilerinden^[1] uyarlanmıştır).

Sünger türlerinin varlığı/yokluğu kullanılarak deniz yerleşimlerinin hiyerarşik kümelenmesi için bir dendrogram çıktısı.^[2]

Yaşam ağacının bir dendrogramı. Bu filogenetik ağaç, Woese ve diğ. rRNA analizi^[3] çalışmasından uyarlanmıştır. Alttaki dikey çizgi, Son evrensel ortak atayı (LUCA) temsil eder.

Sol ve üst kenar boşluklarında iki dendrogramı gösteren RNA-Seq verilerinin ısı haritası.

Dendrogram, Grekçe: δένδρον (déndron) "ağaç" anlamına gelen ve Grekçe: γράμμα (grámma) "çizim, matematiksel şekil" anlamına gelen iki antik yunan kelimesinden türemiştir.^[7][8]

Kümeleme örneği

Kümeleme örneği için, beş taksonun (${\displaystyle a}$'dan ${\displaystyle e}$'ye) UPGMA tarafından genetik uzaklık matrisine göre kümelenmiştir. Hiyerarşik kümeleme dendrogramı, ilk verileri temsil eden beş düğümden oluşan bir sütun gösterecektir (burada ayrı taksonlar) ve geri kalan düğümler, mesafeyi (yani farklılığı) temsil eden oklarla birlikte verilerin ait olduğu kümeleri temsil eder. Birleştirilmiş kümeler arasındaki mesafe tekdüzedir ve birleşme düzeyiyle birlikte artar: arsadaki her bir düğümün yüksekliği, iki bağ (ilişki) arasındaki gruplar arası farklılığın değeriyle orantılıdır (sağdaki düğümler, tümü sıfır yükseklikte işaretlenmiş olan bireysel gözlemleri temsil eder.).

Ayrıca bakınız

• Cladogram
• Soyoluşta uzaklık matrisleri
• Hiyerarşik kümeleme
• Dendrogramları çizmek için bir ücretsiz yazılım olan MEGA
• yEd, dendrogramları çizmek ve otomatik olarak düzenlemek için ücretsiz bir yazılım