Polimeraz

Bir polimeraz (EC 2.7.7.6/7/19/48/49), merkezî işlevi RNA ve DNA gibi nükleik asit polimerleri ile ilgili olan bir enzimdir. Bir polimerazın esas fonksiyonu, mevcut bir DNA veya RNA kalıbı kullanarak, ikileşme veya transkripsiyon süreci içinde, yeni bir DNA veya RNA'nın polimerizasyonudur. Bu enzimler, bir grup başka enzim veya protein eşliğinde, çözeltide bulunan nükleotitleri alırlar ve baz eşleşme etkileşimlerinden yararlanarak, bir polinükleotit iplikçiğin karşısında yeni bir polinükleotit iplikçiğinin sentezini katalizler.

Başka biyopolimerlerin oluşumunu katalizleyen enzimlere de polimeraz denmemesi tarihsel bir tutarsızlıktır.

Termofilik bir bakteri olan Thermus aquaticus'a ait Taq DNA polimerazı (PDB 1BGX, EC 2.7.7.7) özellikle büyük bir ticari öneme sahiptir, çünkü moleküler biyolojide sıkça kullanılan polimeraz zincir reaksiyonunda kullanılır.

Rekombinant DNA teknolojisinde sık kullanıldıklarından dolayı iyi bilinen diğer polimerazdan bazıları şunlardır:

• Terminal Deoksinükleotidil Transferaz, antikor zincirlerine çeşitlilik sağlar.
• Ters Transkriptaz, HIV gibi retrovirüsler tarafından kullanılan bir enzimdir. Viral RNA zincirinden onu tamamlayıcı olan bir DNA zinciri sentezlenmesini sağlar, bu da konak hücrenin kromozomuna entegre olur. Bu enzim antiviral ilaçların başlıca hedeflerindendir.

Yapıya göre

Polimerazlar genellikle “sağ el” katlaması (InterPro: IPR043502) ve “çift psi beta varil” (genellikle basitçe “çift varil”) katlaması olmak üzere iki süper aileye ayrılır. İlki neredeyse tüm DNA polimerazlarda ve neredeyse tüm viral tek alt birim polimerazlarda görülür; korunmuş bir “avuç içi” alanı ile işaretlenirler.^[1] İkincisi tüm çok alt birim RNA polimerazlarda, cRdRP'de ve arkelerde bulunan “D ailesi” DNA polimerazlarda görülür.^[2][3] DNA polimeraz beta tarafından temsil edilen “X” ailesi sadece belirsiz bir “avuç içi” şekline sahiptir ve bazen farklı bir süper aile olarak kabul edilir (InterPro: IPR043519).^[4]

Primazlar genellikle her iki kategoriye de girmez. Bakteriyel primazlar genellikle Toprim alanına sahiptir ve topoizomerazlar ve mitokondriyal helikaz twinkle ile ilişkilidir.^[5] Arke ve ökaryotik primazlar, muhtemelen polimeraz palm ile ilişkili, ilgisiz bir AEP ailesi oluşturur. Yine de her iki aile de aynı helikaz setiyle ilişkilidir.^[6]

• 
  Bir B ailesi DdRP olan Bakteriyofaj RB69'un sağ el yapısı.

Ayrıca bakınız

• DNA polimeraz
• RNA polimeraz