Cas9— (англ. CRISPR associated protein 9, CRISPR-асоційований білок)— це керована за допомогою РНК-гідів ендонуклеаза, пов'язана з адаптивною імунною системою CRISPR (англ. Clustered Regularly Interspaced Palindromic Repeats) у ряду бактерій, зокрема Streptococcus pyogenes. S. pyogenes використовує Cas9 для запам'ятовування[2], подальшого розпізнавання та розрізання чужорідної ДНК[3], наприклад, ДНК бактеріофагів або плазмід.
Коротка інформація hypothetical protein SPy_1046, Ідентифікатори ...
Cas9 розпізнає чужорідну ДНК розкручуючи її і визначає її комплементарність до двадцяти спарених основ спейсера керуючої РНК. Якщо субстрат комплементарний керуючій РНК, Cas9 розщеплює чужу ДНК. У цьому сенсі механізм CRISPR-Cas9 має ряд паралелей з механізмом РНК-інтерференції (RNAi) у еукаріот. Безпека практичного застосування даного методу визначається в тому числі і тим фактором, чи є шукана послідовність двадцяти спарених основ унікальною в ДНК, що модифікується.