APOBEC3A

APOBEC3A (англ. Apolipoprotein B mRNA editing enzyme catalytic subunit 3A) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 22-ї хромосоми. ^[2] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 199 амінокислот, а молекулярна маса — 23 012^[3].

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MEASPASGPR		HLMDPHIFTS		NFNNGIGRHK		TYLCYEVERL		DNGTSVKMDQ
HRGFLHNQAK		NLLCGFYGRH		AELRFLDLVP		SLQLDPAQIY		RVTWFISWSP
CFSWGCAGEV		RAFLQENTHV		RLRIFAARIY		DYDPLYKEAL		QMLRDAGAQV
SIMTYDEFKH		CWDTFVDHQG		CPFQPWDGLD		EHSQALSGRL		RAILQNQGN

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

APOBEC3A
Наявні структури PDB Пошук для людей: PDBe RCSB Список кодів PDB 2M65, 4XXO
Ідентифікатори
Символи	APOBEC3A, A3A, ARP3, PHRBN, bK150C2.1, apolipoprotein B mRNA editing enzyme catalytic subunit 3A
Зовнішні ІД	OMIM: 607109 HomoloGene: 82288 GeneCards: APOBEC3A
Онтологія гена Молекулярна функція • hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in cyclic amidines • cytidine deaminase activity • zinc ion binding • hydrolase activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • каталітична активність • зв’язування з іоном металу • deoxycytidine deaminase activity • RNA binding Клітинна компонента • цитоплазма • клітинне ядро Біологічний процес • cellular response to xenobiotic stimulus • negative regulation of transposition • DNA demethylation • negative regulation of viral genome replication • вроджений імунітет • defense response to virus • DNA cytosine deamination • процес імунної системи • cytidine deamination • cytidine to uridine editing Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	200315	н/д
Ensembl	ENSG00000128383 ENSG00000262156	н/д
UniProt	P31941	н/д
RefSeq (мРНК)	NM_145699 NM_001270406	н/д
RefSeq (білок)	NP_001257335 NP_663745	н/д
Локус (UCSC)	Хр. 22: 38.95 – 38.99 Mb	н/д
PubMed search	[1]	н/д
Вікідані
Див./Ред. для людей

Кодований геном білок за функцією належить до гідролаз. Задіяний у таких біологічних процесах як імунітет, вроджений імунітет, антивірусний захист. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 doi:10.1101/gr.2596504
• Wedekind J.E., Dance G.S.C., Sowden M.P., Smith H.C. (2003). Messenger RNA editing in mammals: new members of the APOBEC family seeking roles in the family business. Trends Genet. 19: 207—216. PMID 12683974 doi:10.1016/S0168-9525(03)00054-4
• Chiu Y.L., Greene W.C. (2008). The APOBEC3 cytidine deaminases: an innate defensive network opposing exogenous retroviruses and endogenous retroelements. Annu. Rev. Immunol. 26: 317—353. PMID 18304004 doi:10.1146/annurev.immunol.26.021607.090350
• Stenglein M.D., Burns M.B., Li M., Lengyel J., Harris R.S. (2010). APOBEC3 proteins mediate the clearance of foreign DNA from human cells. Nat. Struct. Mol. Biol. 17: 222—229. PMID 20062055 doi:10.1038/nsmb.1744
• Guo J.U., Su Y., Zhong C., Ming G.L., Song H. (2011). Hydroxylation of 5-methylcytosine by TET1 promotes active DNA demethylation in the adult brain. Cell. 145: 423—434. PMID 21496894 doi:10.1016/j.cell.2011.03.022
• Landry S., Narvaiza I., Linfesty D.C., Weitzman M.D. (2011). APOBEC3A can activate the DNA damage response and cause cell-cycle arrest. EMBO Rep. 12: 444—450. PMID 21460793 doi:10.1038/embor.2011.46