APOBEC3C

APOBEC3C (англ. Apolipoprotein B mRNA editing enzyme catalytic subunit 3C) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 22-ї хромосоми. ^[2] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 190 амінокислот, а молекулярна маса — 22 826^[3].

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MNPQIRNPMK		AMYPGTFYFQ		FKNLWEANDR		NETWLCFTVE		GIKRRSVVSW
KTGVFRNQVD		SETHCHAERC		FLSWFCDDIL		SPNTKYQVTW		YTSWSPCPDC
AGEVAEFLAR		HSNVNLTIFT		ARLYYFQYPC		YQEGLRSLSQ		EGVAVEIMDY
EDFKYCWENF		VYNDNEPFKP		WKGLKTNFRL		LKRRLRESLQ

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

APOBEC3C
Наявні структури PDB Пошук для людей: PDBe RCSB Список кодів PDB 3VM8, 3VOW
Ідентифікатори
Символи	APOBEC3C, A3C, APOBEC1L, ARDC2, ARDC4, ARP5, PBI, bK150C2.3, apolipoprotein B mRNA editing enzyme catalytic subunit 3C
Зовнішні ІД	OMIM: 607750 HomoloGene: 129856 GeneCards: APOBEC3C
Онтологія гена Молекулярна функція • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in cyclic amidines • каталітична активність • zinc ion binding • hydrolase activity • зв’язування з іоном металу • RNA binding • cytidine deaminase activity Клітинна компонента • клітинне ядро • цитоплазма • P-body Біологічний процес • negative regulation of viral genome replication • процес імунної системи • defense response to virus • cytidine deamination • вроджений імунітет • GO:0022415 viral process • negative regulation of transposition • DNA demethylation • cytidine to uridine editing • negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate • DNA cytosine deamination Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	27350	н/д
Ensembl	ENSG00000244509	н/д
UniProt	Q9NRW3	н/д
RefSeq (мРНК)	NM_014508	н/д
RefSeq (білок)	NP_055323	н/д
Локус (UCSC)	Хр. 22: 39.01 – 39.02 Mb	н/д
PubMed search	[1]	н/д
Вікідані
Див./Ред. для людей

Кодований геном білок за функцією належить до гідролаз. Задіяний у таких біологічних процесах як імунітет, вроджений імунітет, взаємодія хазяїн-вірус, антивірусний захист. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 doi:10.1101/gr.2596504
• Chiu Y.L., Greene W.C. (2008). The APOBEC3 cytidine deaminases: an innate defensive network opposing exogenous retroviruses and endogenous retroelements. Annu. Rev. Immunol. 26: 317—353. PMID 18304004 doi:10.1146/annurev.immunol.26.021607.090350
• Bonvin M., Greeve J. (2008). Hepatitis B: modern concepts in pathogenesis--APOBEC3 cytidine deaminases as effectors in innate immunity against the hepatitis B virus. Curr. Opin. Infect. Dis. 21: 298—303. PMID 18448976 doi:10.1097/QCO.0b013e3282fe1bb2
• Stenglein M.D., Burns M.B., Li M., Lengyel J., Harris R.S. (2010). APOBEC3 proteins mediate the clearance of foreign DNA from human cells. Nat. Struct. Mol. Biol. 17: 222—229. PMID 20062055 doi:10.1038/nsmb.1744
• Guo J.U., Su Y., Zhong C., Ming G.L., Song H. (2011). Hydroxylation of 5-methylcytosine by TET1 promotes active DNA demethylation in the adult brain. Cell. 145: 423—434. PMID 21496894 doi:10.1016/j.cell.2011.03.022
• Arias J.F., Koyama T., Kinomoto M., Tokunaga K. (2012). Retroelements versus APOBEC3 family members: No great escape from the magnificent seven. Front. Microbiol. 3: 275—275. PMID 22912627 doi:10.3389/fmicb.2012.00275