APOBEC3D

APOBEC3D (англ. Apolipoprotein B mRNA editing enzyme catalytic subunit 3D) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 22-ї хромосоми. ^[2] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 386 амінокислот, а молекулярна маса — 46 598^[3].

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MNPQIRNPME		RMYRDTFYDN		FENEPILYGR		SYTWLCYEVK		IKRGRSNLLW
DTGVFRGPVL		PKRQSNHRQE		VYFRFENHAE		MCFLSWFCGN		RLPANRRFQI
TWFVSWNPCL		PCVVKVTKFL		AEHPNVTLTI		SAARLYYYRD		RDWRWVLLRL
HKAGARVKIM		DYEDFAYCWE		NFVCNEGQPF		MPWYKFDDNY		ASLHRTLKEI
LRNPMEAMYP		HIFYFHFKNL		LKACGRNESW		LCFTMEVTKH		HSAVFRKRGV
FRNQVDPETH		CHAERCFLSW		FCDDILSPNT		NYEVTWYTSW		SPCPECAGEV
AEFLARHSNV		NLTIFTARLC		YFWDTDYQEG		LCSLSQEGAS		VKIMGYKDFV
SCWKNFVYSD		DEPFKPWKGL		QTNFRLLKRR		LREILQ

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

APOBEC3D
Ідентифікатори
Символи	APOBEC3D, A3D, APOBEC3DE, APOBEC3E, ARP6, apolipoprotein B mRNA editing enzyme catalytic subunit 3D, A3DE
Зовнішні ІД	OMIM: 609900 HomoloGene: 122788 GeneCards: APOBEC3D
Онтологія гена Молекулярна функція • hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in cyclic amidines • zinc ion binding • каталітична активність • hydrolase activity • зв’язування з іоном металу • RNA binding • cytidine deaminase activity Клітинна компонента • цитоплазма • P-body • клітинне ядро Біологічний процес • negative regulation of transposition • вроджений імунітет • defense response to virus • DNA cytosine deamination • negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate • процес імунної системи • cytidine deamination • cytidine to uridine editing • DNA demethylation Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	140564	н/д
Ensembl	ENSG00000243811	н/д
UniProt	B2CML4	н/д
RefSeq (мРНК)	NM_152426 NM_001363781	н/д
RefSeq (білок)	NP_689639 NP_001350710	н/д
Локус (UCSC)	Хр. 22: 39.02 – 39.03 Mb	н/д
PubMed search	[1]	н/д
Вікідані
Див./Ред. для людей

Кодований геном білок за функцією належить до гідролаз. Задіяний у таких біологічних процесах як імунітет, вроджений імунітет, антивірусний захист. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку. Локалізований у цитоплазмі.

Література

• Wedekind J.E., Dance G.S.C., Sowden M.P., Smith H.C. (2003). Messenger RNA editing in mammals: new members of the APOBEC family seeking roles in the family business. Trends Genet. 19: 207—216. PMID 12683974 doi:10.1016/S0168-9525(03)00054-4
• Chiu Y.L., Greene W.C. (2008). The APOBEC3 cytidine deaminases: an innate defensive network opposing exogenous retroviruses and endogenous retroelements. Annu. Rev. Immunol. 26: 317—353. PMID 18304004 doi:10.1146/annurev.immunol.26.021607.090350
• Stenglein M.D., Burns M.B., Li M., Lengyel J., Harris R.S. (2010). APOBEC3 proteins mediate the clearance of foreign DNA from human cells. Nat. Struct. Mol. Biol. 17: 222—229. PMID 20062055 doi:10.1038/nsmb.1744
• Arias J.F., Koyama T., Kinomoto M., Tokunaga K. (2012). Retroelements versus APOBEC3 family members: No great escape from the magnificent seven. Front. Microbiol. 3: 275—275. PMID 22912627 doi:10.3389/fmicb.2012.00275
• Phalora P.K., Sherer N.M., Wolinsky S.M., Swanson C.M., Malim M.H. (2012). HIV-1 replication and APOBEC3 antiviral activity are not regulated by P bodies. J. Virol. 86: 11712—11724. PMID 22915799 doi:10.1128/JVI.00595-12
• Refsland E.W., Hultquist J.F., Harris R.S. (2012). Endogenous origins of HIV-1 G-to-A hypermutation and restriction in the nonpermissive T cell line CEM2n. PLoS Pathog. 8: E1002800—E1002800. PMID 22807680 doi:10.1371/journal.ppat.1002800