CTCF

CTCF (англ. CCCTC-binding factor) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 16-ї хромосоми.^[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 727 амінокислот, а молекулярна маса — 82 785^[5].

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MEGDAVEAIV		EESETFIKGK		ERKTYQRRRE		GGQEEDACHL		PQNQTDGGEV
VQDVNSSVQM		VMMEQLDPTL		LQMKTEVMEG		TVAPEAEAAV		DDTQIITLQV
VNMEEQPINI		GELQLVQVPV		PVTVPVATTS		VEELQGAYEN		EVSKEGLAES
EPMICHTLPL		PEGFQVVKVG		ANGEVETLEQ		GELPPQEDPS		WQKDPDYQPP
AKKTKKTKKS		KLRYTEEGKD		VDVSVYDFEE		EQQEGLLSEV		NAEKVVGNMK
PPKPTKIKKK		GVKKTFQCEL		CSYTCPRRSN		LDRHMKSHTD		ERPHKCHLCG
RAFRTVTLLR		NHLNTHTGTR		PHKCPDCDMA		FVTSGELVRH		RRYKHTHEKP
FKCSMCDYAS		VEVSKLKRHI		RSHTGERPFQ		CSLCSYASRD		TYKLKRHMRT
HSGEKPYECY		ICHARFTQSG		TMKMHILQKH		TENVAKFHCP		HCDTVIARKS
DLGVHLRKQH		SYIEQGKKCR		YCDAVFHERY		ALIQHQKSHK		NEKRFKCDQC
DYACRQERHM		IMHKRTHTGE		KPYACSHCDK		TFRQKQLLDM		HFKRYHDPNF
VPAAFVCSKC		GKTFTRRNTM		ARHADNCAGP		DGVEGENGGE		TKKSKRGRKR
KMRSKKEDSS		DSENAEPDLD		DNEDEEEPAV		EIEPEPEPQP		VTPAPPPAKK
RRGRPPGRTN		QPKQNQPTAI		IQVEDQNTGA		IENIIVEVKK		EPDAEPAEGE
EEEAQPAATD		APNGDLTPEM		ILSMMDR

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

CTCF
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 1X6H, 2CT1
Ідентифікатори
Символи	CTCF, MRD21, CCCTC-binding factor, FAP108, CFAP108
Зовнішні ІД	OMIM: 604167 MGI: 109447 HomoloGene: 4786 GeneCards: CTCF
Пов'язані генетичні захворювання
autosomal dominant non-syndromic intellectual disability 21, syndromic intellectual disability[1]
Онтологія гена Молекулярна функція • DNA binding • GO:0001106 transcription corepressor activity • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • zinc ion binding • зв’язування з іоном металу • chromatin insulator sequence binding • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding • GO:0001078, GO:0001214, GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • nucleic acid binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • sequence-specific DNA binding • GO:0001077, GO:0001212, GO:0001213, GO:0001211, GO:0001205 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific • chromatin binding Клітинна компонента • нуклеоплазма • хромосома • ядерце • центромера • condensed chromosome • клітинне ядро Біологічний процес • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • Епігенетичне успадкування • regulation of centromeric sister chromatid cohesion • chromosome segregation • transcription, DNA-templated • GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • protein localization to chromosome, centromeric region • negative regulation of cell population proliferation • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • GO:1901313 positive regulation of gene expression • Метилювання ДНК • regulation of gene expression by genetic imprinting • maintenance of DNA methylation • negative regulation of gene expression • regulation of histone methylation • regulation of histone acetylation • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	10664	13018
Ensembl	ENSG00000102974	ENSMUSG00000005698
UniProt	P49711	Q61164
RefSeq (мРНК)	NM_001191022 NM_006565 NM_001363916	NM_181322 NM_001358924
RefSeq (білок)	NP_001177951 NP_006556 NP_001350845	NP_851839 NP_001345853 NP_001390652 NP_001390653 NP_001390654 NP_001390655 NP_001390656 NP_001390657 NP_001390658 NP_001390659 NP_001390660 NP_001390661
Локус (UCSC)	Хр. 16: 67.56 – 67.64 Mb	Хр. 8: 105.64 – 105.68 Mb
PubMed search	[2]	[3]
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

Кодований геном білок за функціями належить до репресорів, активаторів, регуляторів хроматину, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, розходження хромосом, ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, ДНК. Локалізований у ядрі, хромосомах, центромерах.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 doi:10.1101/gr.2596504
• Vostrov A.A., Quitschke W.W. (1997). The zinc finger protein CTCF binds to the APBbeta domain of the amyloid beta-protein precursor promoter. Evidence for a role in transcriptional activation. J. Biol. Chem. 272: 33353—33359. PMID 9407128 doi:10.1074/jbc.272.52.33353
• Klenova E.M., Morse H.C. III, Ohlsson R., Lobanenkov V.V. (2002). The novel BORIS + CTCF gene family is uniquely involved in the epigenetics of normal biology and cancer. Semin. Cancer Biol. 12: 399—414. PMID 12191639 doi:10.1016/S1044-579X(02)00060-3
• Chao W., Huynh K.D., Spencer R.J., Davidow L.S., Lee J.T. (2002). CTCF, a candidate trans-acting factor for X-inactivation choice. Science. 295: 345—347. PMID 11743158 doi:10.1126/science.1065982
• Ishihara K., Oshimura M., Nakao M. (2006). CTCF-dependent chromatin insulator is linked to epigenetic remodeling. Mol. Cell. 23: 733—742. PMID 16949368 doi:10.1016/j.molcel.2006.08.008
• Majumder P., Gomez J.A., Chadwick B.P., Boss J.M. (2008). The insulator factor CTCF controls MHC class II gene expression and is required for the formation of long-distance chromatin interactions. J. Exp. Med. 205: 785—798. PMID 18347100 doi:10.1084/jem.20071843