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變形蟲門（Amoebozoa）
- Tubulinea
- Arcellinida
- Leptomyxida
- Tubulinida
- 目未定及環境樣本
- Pelobiontea
- Pelobiontida
- Entamoebea
- Entamoebida
- Flabellinea
- Dactylopodida
- Dermamoebida
- Himatismenida
- Vannellida
- Myxomycetes
- Echinosteliales
- Liceales
- Physarales
- Trichiales
- Stemonitales
- 目未定
- Dictyosteliomycetes
- Dictyosteliales
- Protosteliomycetes
- Protosteliales
- 綱未定及環境樣本
頂復門（Apicomplexa）
- Aconoidasida
- Haemosporida
- Piroplasmorida
- Conoidasida
- Archigregarinorida
- Eugregarinorida
- Neogregarinorida
- 目未定及環境樣本
- Coccidiasina
- Agamococcidiorida
- Eucoccidiorida
- Ixorheorida
- Protococcidiorida
- 目未定及環境樣本
- 綱未定及環境樣本
無根蟲門（Apusozoa）
- Diphyllatea
- Diphylleida
- Thecomonadea
- Ancyromonadida
- Apusomonadida
- Hemimastigida
- 綱未定及環境樣本
絲足蟲門（Cercozoa）
- Ascetosporea
- Claustrosporida
- Haplosporida
- Paramyxida
- Gromiidea
- Gromiida
- Phytomyxea
- Phagomyxida
- Plasmodiophorida
- 目未定
- Imbricatea
- Euglyphida
- Thaumatomonadida
- Sarcomonadea
- Cercomonadida
- Metopiida
- 目未定
- Thecofilosea
- Cryomonadida
- Tectofilosida
- Chlorarachnea
- Chlorarachniida
- Proteomyxidea
- Heliomonadida
- Leucodictyida
- Pseudosporida
- Reticulosida
- Spongomonadea
- Spongomonadida
- 綱未定及環境樣本
輪藻門（Charophyta）
- Mesostigmatophyceae
- Mesostigmales
- 環境樣本
- Klebsormidiophyceae
- Klebsormidiales
- Zygnematophyceae
- Zygnematales
- Desmidiales
- Charophyceae
- Charales
- Coleochaetophyceae
- Coleochaetales
- 綱未定及環境樣本
綠藻門（Chlorophyta）
- Chlorophyceae
- Chaetopeltidales
- Chaetophorales
- Chlorococcales
- Chlorocystidales
- Microsporales
- Oedogoniales
- Sphaeropleales
- Tetrasporales
- Volvocales
- 目未定及環境樣本
- Mamiellophyceae
- Mamiellales
- 目未定
- Nephroselmidophyceae
- Nephroselmiales
- Pedinophyceae
- Pedinomonadales
- Scourfieldiales
- 目未定
- Pleurastrophyceae
- Chlorodendrales
- Prasinococcales
- Pseudoscourfieldiales
- Pyramimonadales
- 目未定及環境樣本
- Trebouxiophyceae
- Chlorellales
- Oocystales
- Prasiolales
- Trebouxiales
- 目未定及環境樣本
- Ulvophyceae
- Acrosiphoniales
- Bryopsidales
- Chlorocystidales
- Cladophorales
- Dasycladales
- Ignatiales
- Oltmansiellopsidales
- Scotinosphaerales
- Trentepohliales
- Ulotrichales
- Ulvales
- 目未定及環境樣本
- 綱未定及環境樣本
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領鞭毛蟲門（Choanozoa）
- Aphelidea
- Choanoflagellata
- Choanoflagellida
- Corallochytrea
- Corallochytrida
- Cristidiscoidea
- Ministeriida
- Nucleariida
- Mesomycetozoea
- Amoebidiales
- Dermocystida
- Eccrinales
- Ichthyophonida
- 目未定
- 綱未定
Chromerida
- Chromeraceae
- Chromera
- Vitrellaceae
- Vitrella
- 綱未定
纖毛蟲門（Ciliophora）
- Colpodea
- Bryometopida
- Bryophryida
- Bursariomorphida
- Colpodida
- Cyrtolophosidida
- Sorogenida
- 目未定及環境樣本
- Litostomatea
- Cyclotrichida
- Haptorida
- Pleurostomatida
- Entodiniomorphida
- Trichostomatida
- Vestibuliferida
- 目未定及環境樣本
- Nassophorea
- Microthoracida
- Nassulida
- Synhymeniida
- 目未定
- Oligohymenophorea
- Apostomatida
- Astomatophorida
- Pilisuctorida
- Astomatida
- Hymenostomatida
- Peniculida
- Mobilida
- Sessilida
- Philasterida
- Pleuronematida
- Thigmotrichida
- 目未定及環境樣本
- Phyllopharyngea
- Cryptogemmida
- Exogemmida
- Chlamydodontida
- Dysteriida
- Hypocomatida
- Rhynchodida
- Endogenida
- Evaginogenida
- Exogenida
- 目未定及環境樣本
- Plagiopylea
- Odontostomatida
- Plagyopylida
- 環境樣本
- Prostomatea
- Prorodontida
- Prostomatida
- 環境樣本
- Spirotrichea
- Choreotrichida
- Tintinnida
- Euplotida
- Kiitrichida
- Halteriida
- Oligotrichida
- Strombidiida
- Protocruziida
- Plagiotomida
- Sporadotrichida
- Stichotrichida
- Urostylida
- Armophorida
- Clevelandellida
- Odontostomatida
- Phacodiniida
- 目未定及環境樣本
- Heterotrichea
- Heterotrichida
- Licnophorida
- 環境樣本
- Karyorelictea
- Loxodida
- Protoheterotrichida
- Protostomatida
- 目未定及環境樣本
- 綱未定及環境樣本
隱藻門 (Cryptophyta)
- Cryptomonadea
- Cryptomonadales
- Pyrenomonadales
- Tetragonidiales
- Goniomonadea
- Goniomonadales
- Katablepharidophyceae
- Katablepharidales
- 綱未定及環境樣本
雙鞭毛蟲門（Dinoflagellata）
- Blastodiniophyceae
- Blastodiniales
- Dinophyceae
- Dinophysiales
- Gymnodiniales
- Ptychodiscales
- Gonyaulacales
- Peridiniales
- Prorocentrales
- Chytriodiniales
- Desmocapsales
- Dinamoebales
- Dinocloniales
- †Hystrichosphaerida
- Phytodiniales
- Suessiales
- Thoracosphaerales
- Zooxanthellales
- 目未定
- Noctiluciphyceae
- Noctilucales
- Syndiniophyceae
- Syndiniales
- Apicomonadea
- Colpodellida
- 目未定及環境樣本
- Colponemea
- Colponemida
- Ellobiopsea
- Ellobiopsida
- Perkinsea
- Perkinsorida
- 目未定
- †Acritarcha
- †Acanthomorphitae
- †Diacromorphitae
- †Dinetromorphitae
- †Disphaeromorphitae
- †Herkomorphitae
- †Netromorphitae
- †Oomorphitae
- †Platymorphitae
- †Polygonomorphitae
- †Prismatomorphitae
- †Pteromorphitae
- †Sphaeromorphitae
- †Stephanomorphitae
- †Versimorphitae
- 目未定
- 綱未定及環境樣本
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眼蟲門（Euglenozoa）
- Diplonemea
- Diplonemida
- Euglenoidea
- Euglenida
- Peranemida
- Petalomonadida
- Rhabdomonadida
- 目未定
- Kinetoplastea
- Bodonida
- Trypanosomatida
- Postgaardea
- Postgaardida
- 綱未定及環境樣本
有孔蟲門（Foraminifera）
- Allogromioidia
- Allogromiida
- Athalamea
- Biomyxida
- †Fusulinidia
- †Fusulinida
- Miliolidia
- Miliolida
- Rotalidia
- Carterinida
- Globigerinida
- †Involutinida
- Lagenida
- Robertinida
- Rotaliida
- Silicoloculinida
- Spirillinida
- Textularidia
- Astrorhizida
- Textulariida
- Xenophyophorea
- †Paleodictyida
- Psamminida
- Stannomida
- 綱未定及環境樣本
灰胞藻門（Glaucophyta）
- Glaucophyceae
- Cyanophorales
- Glaucocystales
- Gloeochaetales
- 目未定及環境樣本
槽蟲門（Loukozoa）
- Jakobea
- Jakobida
- Malawimonadea
- Malawimonadida
後滴門（Metamonada）
- Carpediemonadea
- Carpediemonadida
- Anaeromonadida
- Trimastigida
- Oxymonadida
- Retortamonadea
- Retortamonadida
- Trepomonadea
- Enteromonadida
- Distomatida
- Giardiida
- Trichomonadea
- Lophomonadida
- Spirotrichonymphida
- Trichomonadida
- Trichonymphea
- Trichonymphida
- 綱未定及環境樣本
定鞭藻門 (Haptophyta)
- Prymnesiophyceae
- Coccolithales
- Coccosphaerales
- Isochrysidales
- Phaeocystales
- Prymnesiales
- Syracosphaerales
- Zygodiscales
- †Arkhangelskiales
- †Discoasterales
- †Eiffelithales
- †Podorhabdales
- †Stephanolithiales
- †Watznaueriales
- Pavlovophyceae
- Pavlovales
- 綱未定及環境樣本
不等鞭毛門 (Heterokontophyta)
- Hyphochytriomycetes
- Hyphochytriales
- Labyrinthulomycetes
- Labyrinthulales
- Thraustochytriales
- 目未定及環境樣本
- Opalinea
- Slopalinida
- Bicosecophyceae
- Bicosoecales
- Pirsoniales
- Peronosporomycetes
- Albuginales
- Olpidiopsidales
- Peronosporales
- Pythiales
- Rhipidiales
- Leptomitales
- Salilagenidiales
- Saprolegniales
- Sclerosporales
- Anisolpidiales
- †Galtierella
- Lagenidiales
- Lagenismatales
- Myzocytiopsidales
- Rozellopsidales
- 目未定及環境樣本
- Chrysophyceae
- Chromulinales
- Chrysamoebidales
- Chrysapiales
- Chrysocapsales
- Chrysosphaerales
- Hibberdiales
- Hydrurales
- Ochromonadales
- Phaeothamniales
- Rhizochrysidales
- Thallochrysidales
- 目未定及環境樣本
- Eustigmatophyceae
- Eustigmatales
- 目未定及環境樣本
- Phaeothamniophyceae
- Phaeothamniales
- Pleurochloridellales
- 目未定及環境樣本
- Raphidophyceae
- Raphidomonadales
- 目未定及環境樣本
- Synurophyceae
- Synurales
- 目未定及環境樣本
- Phaeophyceae
- Ascoseirales
- Chordariales
- Cutleriales
- Desmarestiales
- Dictyosiphonales
- Dictyotales
- Durvillaeales
- Ectocarpales
- Fucales
- Laminariales
- Scytosiphonales
- Scytothamnales
- Sphacelariales
- Sporochnales
- Tilopteridales
- 目未定
- Xanthophyceae
- Chloramoebales
- Heterogloeales
- Mischococcales
- Rhizochloridales
- Tribonematales
- Vaucheriales
- 目未定及環境樣本
- Chrysomerophyceae
- Chrysomeridales
- Actinochrysophyceae
- Actinophryida
- Ciliophryida
- Pedinellales
- Rhizochromulinales
- Dictyochales
- 目未定及環境樣本
- Pelagophyceae
- Pelagomonadales
- Sarcinochrysidales
- 目未定及環境樣本
- Bolidophyceae
- Bolidomonadales
- Coscinodiscophyceae
- Thalassiosirales
- Chrysanthemodiscales
- Melosirales
- Paraliales
- Aulacoseirales
- Orthoseirales
- Coscinodiscales
- Ethmodiscales
- Asterolamprales
- Arachnoidiscales
- Stictodiscales
- Stictocyclales
- Triceratiales
- Biddulphiales
- Hemiaulales
- Anaulales
- Lithodesmiales
- Corethrales
- Cymatosirales
- Rhizosoleniales
- Leptocylindrales
- Chaetocerotales
- 目未定及環境樣本
- Fragilariophyceae
- Fragilariales
- Tabellariales
- Licmophorales
- Rhaphoneidales
- Ardissoneales
- Toxariales
- Thalassionematales
- Rhabdonematales
- Striatellales
- Cyclophorales
- Climacospheniales
- Protoraphidales
- 目未定及環境樣本
- Bacillariophyceae
- Eunotiales
- Lyrellales
- Mastogloiales
- Dictyoneidales
- Cymbellales
- Achnanthales
- Naviculales
- Thalassiophysales
- Bacillariales
- Rhopalodiales
- Surirellales
- 目未定及環境樣本
- Xanthomonadophyceae
- Blastocystae
- Blastocystida
- 綱未定及環境樣本
透色門（Percolozoa）
- Heterolobosea
- Acrasida
- Lyromonadida
- Schizopyrenida
- 目未定及環境樣本
- Percolatea
- Percolomonadida
- Pseudociliatida
放射蟲門（Radiolaria）
- Acantharea
- Arthracanthida
- Chaunacanthida
- Holacanthida
- Symphyacanthida
- 目未定及環境樣本
- Phaeodarea
- Phaeocalpida
- Phaeoconchida
- Phaeocystida
- Phaeodendrida
- Phaeogromida
- Phaeogymnocellida
- Phaeosphaerida
- Polycystina
- †Albaillellaria
- Archaeospicularia
- Collodaria
- Entactinaria
- †Latentifistularia
- Nassellaria
- Spumellaria
- 目未定及環境樣本
- Sticholonchea
- Taxopodida
- 環境樣本
- 綱未定及環境樣本
紅藻門（Rhodophyta）
- Rhodophyceae
- Bangiales
- Goniotrichales
- Porphyridiales
- Ahnfeltiales
- Pihiellales
- Corallinales
- Rhodogorgonales
- Hildenbrandiales
- Acrochaetiales
- Balbianiales
- Balliales
- Batrachospermales
- Colaconematales
- Nemaliales
- Palmariales
- Bonnemaisoniales
- Ceramiales
- Gelidiales
- Gigartinales
- Gracilariales
- Halymeniales
- Nemastomatales
- Plocamiales
- Rhodymeniales
- 目未定及環境樣本
- Cyanidiophyceae
- 綱未定及環境樣本
門未定
- 其餘的原生生物種類（包括早期原生生物種類及混合生物片段、X細胞寄生物）
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