DEAD box

DEAD box為一蛋白質家族的通稱，在原核生物與真核生物細胞中皆有，因其中一個結構域有一天門冬胺酸-麩胺酸-丙胺酸-天門冬胺酸（DEAD）的氨基酸序列而得名^[2]。此家族的蛋白多參與RNA相關反應^[3]，有許多蛋白為RNA解旋酶^[4]，可以消耗ATP的機制將雙股RNA解開^[5]。

DEAD/DEAH box RNA解旋酶
釀酒酵母的eIF4A結構（1qva）[1]
鑑定
標誌	DEAD
Pfam	PF00270（舊版）
Pfam宗系	CL0023（舊版）
InterPro（英語：InterPro）	IPR011545
PROSITE（英語：PROSITE）	PDOC00039
SCOP（英語：Structural Classification of Proteins）	1qva / SUPFAM
CDD（英語：Conserved Domain Database）	cd00268
現有可用的蛋白結構： Pfam 結構（舊版） / ECOD PDB RCSB PDB; PDBe; PDBj PDBsum（英語：PDBsum） 結構概要

DEAH家族與SKI2家族的蛋白序列也與DEAD box家族的蛋白相似^[6][7][8]，三者合稱DExD/H家族蛋白^[9]。

結構

1980年代晚期有學者發現許多蛋白的NTP結合位點（英語：NTP binding site）序列和eIF4ARNA解旋酶的相似^[10]，後續研究發現這些蛋白均有9個保守的結構域，由N端至C端分別為Q結構域、結構域I、結構域Ia、結構域Ib、結構域II、結構域III、結構域IV、結構域V與結構域VI，其中結構域II又名沃克結構域-B（英語：Walker motifs），包含天門冬胺酸-麩胺酸-丙胺酸-天門冬胺酸（DEAD）的氨基酸序列^[2]。Q結構域、結構域I、結構域II與結構域VI為結合與水解ATP所需，結構域Ia、結構域Ib、結構域III、結構域IV與結構域V則為結合RNA所需^[11]。

功能

mRNA剪接過程，其中標註為橘色的蛋白皆屬DEAD box家族

DEAD box家族的蛋白多為RNA解旋酶，參與轉錄、RNA剪接、核糖體組裝（英語：ribosome biogenesis）、RNA轉運、轉譯與RNA降解等細胞中的多種RNA相關反應^[9][12][13]。

釀酒酵母mRNA剪接的過程有Sub2、Prp28與Prp5等3種DEAD box蛋白參與^[5]，其中Prp5可與U2 SnRNA（英語：U2 spliceosomal RNA）結合以影響其結構，使其得以與mRNA內含子中的分支位點（branchpoint）結合^[14]；Prp28可能可識別內含子的5′端切割位點，但此蛋白無解旋酶活性^[15]。另外Prp2、Prp16、Prp22、Prp43與Brr213等多種DEAH家族蛋白也參與mRNA剪切^[16]。

轉譯起始因子eIF4A為一DEAD box蛋白，在轉譯起始時可解開mRNA5′ UTR的二級結構，以利核糖體小次單元掃描mRNA以尋找起始密碼子^[17]。另一DEAD box Ded1也參與轉譯起始過程，但具體機制仍不明^[18]；還有一與Ded1相似的DEAD box蛋白Vasa可與eIF2互動^[19]。