亚硫酸盐定序
维基百科,自由的 encyclopedia
亚硫酸盐定序(英语:bisulfite sequencing)是一种利用亚硫酸盐处理,测定DNA甲基化情形的方法[1]。DNA甲基化是最早被发现的表观遗传标记,也是被研究最为深入的表观遗传改变。原理在于亚硫酸盐可使DNA上的胞嘧啶(C)转变为尿嘧啶(U),同时已受甲基化的5-甲基胞嘧啶则不受影响。如此一来,就可以使实验者得知DNA序列上甲基化的情形(Figure 2)。 对动物而言,DNA甲基化主要是指对CpG位点中胞嘧啶的五号碳上增加一个甲基的过程。DNA位点的甲基化可能对该基因的转录活性起到抑制作用。
使用亚硫酸盐处理DNA会将胞嘧啶残基转化成尿嘧啶,但被甲基化的胞嘧啶残基则不受影响;因此,被亚硫酸盐处理后的DNA片段只保留甲基化的胞嘧啶。基于此原理,亚硫酸盐能在单个核苷酸水平上揭示DNA的甲基化情况。有多种检测方法可以实现对亚硫酸盐处理后DNA序列的分析,分析的实际问题就是亚硫酸盐使碱基从C到U最终到T造成的区别(Figure 1)。