肺孢子菌纲（学名：Pneumocystidomycetes）是子囊菌门的一个纲，只有一目、一科、一属，是外囊菌亚门中一类比较原始的真菌，直到20世纪初才被发现，是一种类酵母菌，寄生在人类和哺乳动物的肺中，其中最早发现的是P. carinii，寄生在鼠类的肺中，于1909年发现，直到1945年才发现是P. jirovecii寄生在人类的肺中，导致人类发生肺孢子菌肺炎（PCP）。
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