GenBank

GenBank
内容
有机体	所有
相关信息
研究中心	NCBI
发布日期	1982年
访问入口
数据格式	XML; ASN.1; Genbank format;
网站	NCBI
下载地址	ncbi ftp
网络服务地址	eutils; soap;
工具
Web	BLAST
Standalone	BLAST
其他
许可	Public domain-US Government

基因银行（GenBank）是一个开放获取的序列数据库（英语：sequence database），对所有公开可利用的核苷酸序列与其翻译的蛋白质进行收集并注释。

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此数据库是国际协作核酸序列数据库（英语：International Nucleotide Sequence Database Collaboration）（INSDC）的一部分，由美国国家生物技术信息中心（NCBI）主管，NCBI为美国国立卫生研究院的下属机构。GenBank和它的合作者从全球各个实验室接收了超过百万种生物的数据。

成立三十年来，GenBank数据库成为了最重要的也是最有影响力的生物全领域数据库，其数据正被全球数以百万计的研究人员获取与引用。GenBank中的数据量正以每18个月翻一番的速度持续指数增长^[1]^[2]，在2013年2月的版本194中，数据库包含有1.62亿个序列，含有1500亿个核苷酸堿基。^[3]

历史

1979年，洛斯阿拉莫斯国家实验室（LANL）理论生物学和生物物理学小组（页面存档备份，存于互联网档案馆）的Walter Goad（英语：Walter Goad）等人建立了洛斯阿拉莫斯序列数据库，最终成为了公共的 GenBank数据库的前身^[4]。1982年，由美国国立卫生研究院、美国国家科学基金会、美国能源部和国防部共同出资，LANL与BBN科技公司合作，成立了GenBank。到1983年底，已有超过2,000个序列被存储在GenBank。

在20世纪80年代中期，斯坦福大学的Intelligenetics bioinformatics公司与LANL合作经营着GenBank项目^[5]。作为最早的互联网生物信息学社区项目，GenBank计划为生物学家打造一个开放获取的BIOSCI（英语：BIOSCI）/Bionet消息社群。1989到1992年，GenBank被转移到新成立的美国国家生物技术信息中心^[6]。

发展

在GenBank的版本162.0（2007年8月）的发行说明中道出：“从1982年到现在，GenBank中的碱基数每隔18个月翻一番。”^[7]

截至2013年7月8日 (2013-07-08)^[update]，GenBank的版本196.0已有165,740,164个基因座，152,599,230,112个碱基，165,740,164个报导序列^[3]。 GenBank数据库还包括一些额外的数据集，不包括在这个统计内。

More information 物种, 碱基对 ...

GenBank中碱基数前二十的物种（版本 191）^[8]
物种	碱基对
智人 Homo sapiens	1.6310774187×10^¹⁰
小家鼠 Mus musculus	9.974977889×10^⁹
褐鼠 Rattus norvegicus	6.521253272×10^⁹
家牛 Bos taurus	5.386258455×10^⁹
玉米 Zea mays	5.062731057×10^⁹
野猪 Sus scrofa	4.88786186×10^⁹
斑马鱼 Danio rerio	3.120857462×10^⁹
紫色球海胆（英语：Strongylocentrotus purpuratus） Strongylocentrotus purpuratus	1.435236534×10^⁹
普通猕猴 Macaca mulatta	1.256203101×10^⁹
水稻 Oryza sativa Japonica Group	1.255686573×10^⁹
红花烟草 Nicotiana tabacum	1.197357811×10^⁹
非洲爪蟾 Xenopus (Silurana) tropicalis	1.249938611×10^⁹
黑腹果蝇 Drosophila melanogaster	1.11996522×10^⁹
黑猩猩 Pan troglodytes	1.008323292×10^⁹
拟南芥 Arabidopsis thaliana	1.144226616×10^⁹
家犬 Canis lupus familiaris	951,238,343
酿酒葡萄 Vitis vinifera	999,010,073
原鸡 Gallus gallus	899,631,338
大豆 Glycine max	906,638,854
普通小麦 Triticum aestivum	898,689,329

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另见

Ensembl
Human Protein Reference Database (HPRD)
序列分析
UniProt
已测序真核生物基因组列表
已测序古菌基因组列表
RefSeq — the Reference Sequence Database
Geneious — includes a GenBank Submission Tool

参考文献

[1]
Benson D; Karsch-Mizrachi, I.; Lipman, D. J.; Ostell, J.; Wheeler, D. L.; et al. GenBank. Nucleic Acids Research. 2008, 36 (Database): D25–D30. PMC 2238942 . PMID 18073190. doi:10.1093/nar/gkm929.
[2]
Benson D; Karsch-Mizrachi, I.; Lipman, D. J.; Ostell, J.; Sayers, E. W.; et al. GenBank. Nucleic Acids Research. 2009, 37 (Database): D26–D31. PMC 2686462 . PMID 18940867. doi:10.1093/nar/gkn723.
[3]
GenBank release notes. NCBI. [2013-12-02]. （原始内容存档于2016-12-22）.
[4]
Hanson, Todd. Walter Goad, GenBank founder, dies. Newsbulletin: obituary. Los Alamos National Laboratory. 2000-11-21 [2013-12-02]. （原始内容存档于2008-11-07）.
[5]
LANL GenBank History. [2013-12-02]. （原始内容存档于2016-03-03）.
[6]
Benton D. Recent changes in the GenBank On-line Service. Nucleic Acids Research. 1990, 18 (6): 1517–1520. PMC 330520 . PMID 2326192. doi:10.1093/nar/18.6.1517.
[7]
Dennis A. Benson, Mark Cavanaugh, Karen Clark, Ilene Karsch-Mizrachi, David J. Lipman, James Ostell, Eric W. Sayers. GenBank. Nucleic Acids Research. 2013-01, 41 (Database issue): D36–42 [2019-02-12]. ISSN 1362-4962. PMC 3531190 . PMID 23193287. doi:10.1093/nar/gks1195. （原始内容存档于2020-05-14）.
[8]
Benson DA, Karsch-Mizrachi I, Lipman DJ, Ostell J, Sayers EW. GenBank. Nucleic Acids Res. January 2011, 39 (Database issue): D32–37. PMC 3013681 . PMID 21071399. doi:10.1093/nar/gkq1079.