用質量加權坐標表示的分子內部運動的動能:

用質量加權坐標表示的分子內部勢能

其中勢能公式中用到的力常數可以用矩陣的形式表示出來:

由力常數的數學表達式可以知道
,因而矩陣
為一個正交矩陣,通過酉變換可以把矩陣
變形成為對角矩陣的形式
:

且可以證明其中的過渡矩陣
為正交矩陣,有
則用矩陣乘法的方式表示分子內部勢能:

其中的Q為由分子內所有質量加權坐標構成的列矩陣

其中的
,是一個列矩陣,它的每一個矩陣元都是分子所有質量加權坐標的線性組合,總的矩陣元的數量恰巧等於質量加權坐標的個數,這些矩陣元就被稱作簡正坐標。