蘋果亞科（Pomoideae或Maloideae）是個已被棄用的分類，過去歸於被子植物門（Angiospermae）薔薇亞綱（Rosidae），科轄下有木瓜屬（Chaenomeles）、梨屬（Pyrus）、栒子屬等知名植物同屬薔薇科，曾是薔薇科旗下的一個大科，有28個屬，約1100個不同的物種。蘋果亞科植物遍布於世界各地，但主要生長地區在北半球。
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蘋果亞科
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| 錫金海棠（Malus sikkimensis）的果實
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科學分類 
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| 界：
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植物界 Plantae
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| 演化支：
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維管束植物 Tracheophyta
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| 演化支：
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被子植物 Angiosperms
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| 演化支：
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真雙子葉植物 Eudicots
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| 演化支：
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薔薇類植物 Rosids
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| 目：
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薔薇目 Rosales
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| 科：
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薔薇科 Rosaceae
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| 亞科：
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蘋果亞科 Maloideae
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| 屬
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- 唐棣屬 Amelanchier
- 腺肋花楸屬 Aronia
- 木瓜屬 Chaenomeles
- 栒子屬 Cotoneaster
- 山楂屬 Crataegus
- 榲桲屬 Cydonia - 榲桲
- 牛筋條屬 Dichotomanthus
- 栘依屬 Docynia
- 枇杷屬 Eriobotrya - 枇杷
- Eriolobus = 蘋果屬 Malus
- 假蘋果屬 Heteromeles - 柳葉石楠
- 全盤花屬 Holodiscus
- 蘋果屬 Malus
- 歐楂屬 Mespilus - 歐楂
- 小石積屬 Osteomeles
- 石楠屬 Photinia
- Pseudocydonia - 中華假溫梜
- 火棘屬 Pyracantha - 火棘
- 梨屬 Pyrus - 梨
- 石斑木屬 Rhaphiolepis
- 花楸屬 Sorbus
- 紅果樹屬 Stranvaesia = 石楠屬 Photinia
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無論如何，依據分子遺傳研究結果，蘋果屬被移入梅亞科之下的蘋果族之中，本亞科也就成了梅亞科的異名。
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