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蝙蝠冠狀病毒HKU3

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蝙蝠冠狀病毒HKU3(BtCoV HKU3;Bat-SARS-CoV HKU3)屬嚴重急性呼吸道症候群相關冠狀病毒(SARSr-CoV),為SARS-CoV相關病毒,在中華菊頭蝠樣本中發現,是第一個在蝙蝠中發現的SARS相關病毒[1]。HKU3包含13個病毒株,其中HKU3-1、HKU3-2與HKU3-3於2005年發表,在香港的中華菊頭蝠中發現;HKU3-4至HKU3-13於2010年發表,在香港與廣東的中華菊頭蝠樣本中發現。

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發表與研究

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中華菊頭蝠

2004年至2005年,香港大學的研究人員在香港各地採集動物樣本,發現中華菊頭蝠樣本中含有與SARS-CoV相似的冠狀病毒,經全基因組定序得到HKU3-1、HKU3-2與HKU3-3等三個病毒株[2][3],是首次在蝙蝠樣本中發現SARS相關病毒,此前僅知果子貍鼬獾帶有SARS病毒[1][註 1]。HKU3-1、3-2與3-3的基因組約長29700nt,其序列與SARS-CoV相似度為88%,大部分差異位於刺突蛋白(S)、ORF3ORF8,其中尤以ORF8差異最大,與果子貍SARS病毒一樣比人類SARS病毒多了一段長29nt的插入序列(但此29個核酸與果子狸病毒的不完全相同),形成一完整的長開放閱讀框,而人類SARS病毒的ORF8則是被分成8a與8b等2個較小的開放閱讀框[5]

2010年,又有10個與此三個病毒株相近的新病毒株被發表,即為HKU3-4至HKU3-13,基因組長度介於29677nt至29716nt之間,這些病毒株來自2004年至2008年採集的中華菊頭蝠樣本,其中HKU3-7與HKU3-8來自廣東的個體,其他則來自香港的個體,香港的8個毒株彼此序列非常接近(相似度99.9%),和廣東的毒株相似度則為98.5%,這10個新病毒株與2005年發表的3個病毒株共同組成一個演化支。除HKU3-8外的9個病毒株的ORF8皆與果子狸SARS病毒、HKU3-1、3-2與3-3一樣是一個完整的長開放閱讀框,HKU3-8在此處則有一段長26nt的缺失(在人類SARS病毒29nt缺失的附近),將ORF8分為3個較小的開放閱讀框[6]

HKU3與許多蝙蝠SARSr-CoV一樣在刺突蛋白的受體結合結構域(receptor binding domain, RBD)有兩段分別長5和12個胺基酸的序列缺失(但不見於WIV1病毒SHC014病毒[7]

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演化樹

截至2021年1月 (2021-01)SARS-CoV與相關病毒株的系統發生樹

16BO133 與SARS-COV相似度82.8 % · 馬鐵菊頭蝠 · 韓國全羅北道 (2016年採集、2019年發表)[8]

Rf1 87.8 % · 馬鐵菊頭蝠 · 中國湖北宜昌 (2004年採集、2005年發表)[4]

BtCoV HKU3 87.9 % · 中華菊頭蝠 · 香港、中國廣東 (2004年採集、2005年發表、2010年又發表若干新病毒株)[1]

LYRa11 90.9 % · 中菊頭蝠 · 中國雲南保山 (2011年採集、2014年發表)[9]

Rp3 92.6 % · 皮氏菊頭蝠 · 中國廣西南寧 (2004年採集、2005年發表)[4]

SL-CoV YNLF_31C 93.5 % · 馬鐵菊頭蝠 · 中國雲南祿豐 (2013年採集、2015年發表)[7]

SL-CoV YNLF_34C 93.5 % · 馬鐵菊頭蝠 · 中國雲南祿豐 (2013年採集、2015年發表)[7]

SHC014 95.4 % · 中華菊頭蝠 · 中國雲南昆明 (2011年採集、2013年發表)[10]

WIV1 95.6 % · 中華菊頭蝠 · 中國雲南昆明 (2012年採集、2013年發表)[10]

WIV16 96.0 % · 中華菊頭蝠 · 中國雲南昆明 (2013年採集、2016年發表)[11]

果子貍SARS冠狀病毒 99.8 % · 果子狸 · 中國廣東[1]

SARS-CoV 100 %

SARS-CoV-2 79 %

  蝙蝠病毒
  果子狸病毒
  人類病毒


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註腳

參考文獻

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