六稜箱魨科其下分6個屬，如下：

• 似杏粒突六棱箱魨(Anoplocapros amygdaloides)
• 無刺粒突六棱箱魨(Anoplocapros inermis)
• 白帶粒突六棱箱魨(Anoplocapros lenticularis)
• 壯體粒突六稜箱魨(Anoplocapros robustus)

• 金黃六棱箱魨(Aracana aurita)
• 麗飾六棱箱魨(Aracana ornata)

• 棘棱六棱箱魨(Capropygia unistriata)

• 羊箱魨(Caprichthys gymnura)

• 棘箱魨(Kentrocapros aculeatus)
• 窄鰓棘箱魨(Kentrocapros eco)
• 黃紋棘箱魨(Kentrocapros flavofasciatus)：又稱黃帶棘箱魨。
• 六棱棘箱魨(Kentrocapros rosapinto)

• 多板箱魨(Polyplacapros tyleri)

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