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严重急性呼吸综合症冠状病毒2变异株
SARS-CoV-2突變所產生之變異株 来自维基百科,自由的百科全书
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本文主要讲述严重急性呼吸综合症冠状病毒2变异株及其发生的错义突变。
引发2019冠状病毒病的严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2冠状病毒)容易发生突变而产生變異株,关键病毒蛋白的突变即可能意味着其出现,目前已有多个变异株在世界各地形成并传播。由于病毒的核酸序列变异有可能导致抗原漂移,而使得病毒得以逃避宿主的免疫应答,并影响疫苗的效力[1],这种现象称为免疫逃避。
已有五种被世界卫生组织認定为值得关注的变异株,它們分別為Alpha變異株、Beta變異株、Gamma變異株、Delta變異株以及Omicron變異株。
變異株對照表
- 被世界卫生组织列为高關注變異株
- The reported confidence or credible interval has a low probability, so the estimated value can only be understood as possible, not certain nor likely.
- Preliminary results from a study in the Southern Region of Brazil found P.1 much more lethal for healthy young people. In groups without pre-existing conditions, the variant was found to be ≈ ( 490%– 220 985%) more lethal for men in the 20-39 age group, ≈ ( 465%– 190 1003%) more lethal for women in the 20-39 age group and ≈ ( 670%– 401 1083%) for women in the 40-59 age group.[38]
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命名法
目前严重急性呼吸综合征冠状病毒2之變異株有三个常用的命名系统,分别由GISAID、Nextstrain和PANGO建立。[2]
2021年5月31日,世界卫生组织宣布为重要變種病毒提供希臘字母标签,為免首先發現變種病毒的國家遭受歧視及汙名化。[68]其中,命名規則在Mu變異株後跳過了希臘字母「Nu」和「Xi」這兩個字母。據俄羅斯官方電視台《RT》報導,有不具名的WHO官員透露跳過「Nu」是為避免與發音相同的「New」混淆,至於跳過「Xi」則是由於這個字母的姓氏很普遍,為了避免「對區域的汙名化」[69][70][71][72]。
支序演化树


以下为严重急性呼吸综合征冠状病毒2主要变种的支序演化树简化示意图。[75]
SARS-CoV-2 |
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關注度之基準
現階段的主流變異株
病毒变异是一个自然随机过程,並引发关切的程度取决于其导致的传染性、发病率、死亡率,及逃避检测、免疫与治疗的风险。目前在世界的主要變異株为最早发现于非洲南部由希腊字母「Omicron」标记。
B.1.1.529變異株(WHO命名為Omicron[109][110][111])是目前變異最多的嚴重特殊傳染性肺炎病毒。據媒體簡報會上發佈:這個變異株有超過50個突變[112],而單單在刺突蛋白的突變也有32種[110][113][112]。
- JN.1
- KP.3.1.1
- XEC
- LP.8.1
- NB.1.8.1
- XFG
過去的主流變異株
B.1.1.7谱系,WHO命名为“Alpha”,又称VOC 202012/01,並称501Y.V1变种。部分與「N501Y」突變有關。有23個病毒基因變異點。
- 在2020年9月,首次从英国東南方的肯特郡(Kent)所發現采集的样本中发现[115]。
- 2020年12月18日,升級為「VOC」等級。
- 2022年3月9日,降級為「Previous VOC」等級。
B.1.351谱系,WHO命名為「Beta」,又称501Y.V2变种。與「N501Y」、「K417N」、「E484K」突變有關,与先前的新冠病毒变种相比,501Y.V2变种的传染率增加约50%。[116]有证据表明,501Y.V2变种的刺突蛋白突变E484K可能会影响一些多克隆抗体和单克隆抗体的中和作用。当前尚未有证据表明该变种影響嚴重特殊傳染性肺炎的嚴重程度[117]。。
P.1谱系,WHO命名為「Gamma」,又称501Y.V3变种。包括三個相關突變:「N501Y」、「E484K」和「K417T」。
B.1.617谱系是2020年10月于印度发现的一种双突变變異株。直到2021年1月前,该變異株的感染人数都寥寥无几。4月时该變異株已经蔓延至超过20个国家,遍及南极洲和南美洲以外的所有大洲。[120][121][122]
在该變異株约15个谱系定义突变中包括刺突蛋白突变D111D(同义突变)、G142D[123]、P681R、E484Q[107]、L452R[124],其中后两个突变可能会影响恢复期血浆和单克隆抗体的中和作用。[125]
英国公共卫生部于5月7日将B.1.617.2列为“高關注變異株”,命名为VOC-21APR-02。[96][126]
5月10日WHO称,因为B.1.617较高的传染性,该变异正被列为全球范围内受关切变种[127]。6月1日WHO将受关切变种限定为B.1.617谱系当中的B.1.617.2(Delta)变种。[128] 稍后WHO將B.1.617.2命名為「Delta」。
5月21日,越南宣布发现一种传播性更高,由Delta變異株加上Alpha變異株上突变的病毒株。[129]6月3日,WHO澄清该病毒株不符合新混合变种的定义,并将其列为带有突变的Delta变种。[130]
据报道,Delta變異株基本传染数R0大约为6(有说法称其高达8或9)[131],是嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型原始毒株基本传染数的2倍以上。[132]
- 2021年4月4日,為升級為「VOI」等級。
- 2021年5月11日,為升級為「VOC」等級。
- 2022年6月7日,降級為「Previous VOC」等級。
B.1.427譜系、B.1.429譜系,WHO命名為「Epsilon」,於2020年3月在美國加州首次發現。
- 2021年3月5日,升級為「VOI」等級。
- 2021年7月6日,降級為「Previous VOI」等級。
P.2譜系,WHO命名為「Zeta」,於2020年4月在巴西里約熱內盧首次發現。
- 2021年3月17日,升級為「VOI」等級。
- 2021年7月6日,降級為「Previous VOI」等級。
B.1.525譜系,WHO命名為「Eta」,於2020年12月在奈及利亞首次發現。
- 2021年3月17日,升級為「VOI」等級。
- 2021年9月20日,降級為「Previous VOI」等級。
B.1.526譜系,WHO命名為「Iota」,於2020年11月在美國紐約首次發現。
- 2021年3月20日,升級為「VOI」等級。
- 2021年9月20日,降級為「Previous VOI」等級。
P.3譜系,WHO命名為「Theta」,於2021年1月在菲律賓首次發現。
- 2021年3月24日,升級為「VOI」等級。
- 2021年7月6日,降級為「Previous VOI」等級。
B.1.617譜系的三個子譜系之一當中的「B.1.617.1」,WHO命名為「Kappa」,於2020年10月在印度首次發現。
- 2021年4月4日,升級為「VOI」等級。
- 2021年9月20日,降級為「Previous VOI」等級。
C.37譜系,WHO命名為「Lambda」,於2020年8月在秘魯首次發現。
- 2021年6月14日,升級為「VOI」等級。
- 2022年3月9日,降級為「Previous VOI」等級。
B.1.621譜系,WHO命名為「Mu」,於2021年1月在哥倫比亞首次發現。
- 2021年8月30日,升級為「VOI」等級。
- 2022年3月9日,降級為「Previous VOI」等級。
备注
- 臺灣疾管署按美國CDC定義分三類,稱為:需留意變異株(Variants of Interest, VOI)、高關注變異株(Variants of Concern, VOC)、高衝擊變異株(Variant of High Consequence)。
参见
参考文献
外部链接
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