Schrödinger-ligningen for et system af
elektroner og
atomkerner har en Hamilton-operator
givet ved en sum af de kinetiske og potentielle energier:

Første led
er elektronernes kinetiske energi,
er atomkernernes kinetiske energi,
er elektron-elektron-frastødning,
er atomkerne-atomkerne-frastødning, mens
er elektron-atomkerne-tiltrækning. Skrevet fuldt ud repræsenteres alle interaktionerne med Coulomb-potentialer:

Jf. Born-Oppenheimer-approksimationen antages det nu, at atomkernerne ikke bevæger sig. Det kinetiske led bliver derfor nul, mens kernernes interne afstand
bliver konstant. Således er
konstant og kan udelades fra Hamilton-operatoren uden fysisk betydning. Tilbage står der nu en Hamilton-operator
, der kun beskriver elektronerne:

Den elektroniske Schrödinger-ligning

kan da løses for at finde elektronernes tilstande. Energien
er en gennemsnitlig forventningsværdi for Hamilton-operatoren:

Da elektronerne bevæger sig meget hurtigere end atomkernerne, giver det mening at erstatte disse led i Hamilton-operatoren med et gennemsnit. Atomkernerne befinder sig derved i et effektivt potentiale dannet af den fundne energi
samt atomkerne-atomkerne-potentialet:

Schrödinger-ligningen for kernerne er derfor:

Ved at finde elektronernes tilstand kan atomkernernes tilstande altså efterfølgende også findes. Løsningerne kan kombineres som et produkt:

Dermed er hele systemet løst.[1]